应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于Gromacs
41/1返回列表
查看: 836  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 关于Gromacs

最近想对目标酶做下分子模拟计算下RMSD RMSF  SASA等数据，计算下在高温下蛋白质的解折叠路径。
我想问下
1Gromacs 或者Amber 等软件是需要配合VMD使用的还是单独进行计算的？
2这两个软件可以在win7上使用吗？
3有没有详细的手把手教的那种资料？
4各位推荐本书或资料？
先谢谢各位，希望大家多多指教！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
我还年轻，我要上路！
1楼 2013-08-30 14:34:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2013-08-30 21:56:13
转基因猴子: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-02 09:23:27
1、gromacs 和amber是计算的软件，VMD 是用来显示，分析处理等的软件，计算的时候，都不需要使用VMD ，但是建模的时候和后续处理的时候，可能会用到。
2、我知道gromacs 可以，如果是你想练练手可以，如果做研究使用，估计还是需要linux系统，需要服务器
3、gromacs 的很多啊，看看本版里的置顶资源，搜索几个关键词“GROMACS Introductory Tutorial.pdf”   “1OMB.pdb的Gromacs 计算过程总结” 等等
4、官网上的手册
赞一下 回复此楼
2楼2013-08-30 16:10:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-08-30 16:10:10
1、gromacs 和amber是计算的软件，VMD 是用来显示，分析处理等的软件，计算的时候，都不需要使用VMD ，但是建模的时候和后续处理的时候，可能会用到。
2、我知道gromacs 可以，如果是你想练练手可以，如果做研究使 ...

这位虫子，你好。我下载了gromacs之后没有看到能打开的地方，需要使用C语言编辑器吗？
赞一下 回复此楼
我还年轻，我要上路！
3楼2013-09-02 09:24:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
转基因猴子: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 非常有用，谢谢 2013-09-02 12:42:30
转基因猴子: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-09-21 12:40:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-09-02 09:24:36
这位虫子，你好。我下载了gromacs之后没有看到能打开的地方，需要使用C语言编辑器吗？...

看gromacs手册或者官网上的教程，便知如何编辑安装
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-02 09:30:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 转基因猴子 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 【长期招聘】复旦大学 AI 制药实验室 博士后招聘 +3 第三种态度 2026-10-28 9/450 2026-11-02 13:06 by Grace_PepLib
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-10-31 7/350 2026-11-02 12:46 by n0P4fnsXKbBK
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-02 12:20 by n0P4fnsXKbBK
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-10-31 5/250 2026-11-02 09:42 by dcc2yOIRGGTT
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 7/350 2026-11-02 09:29 by dcc2yOIRGGTT
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 7/350 2026-11-02 06:29 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-02 06:20 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 8/400 2026-11-02 06:07 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 14/700 2026-11-02 05:41 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 21/1050 2026-11-02 05:41 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 18/900 2026-11-02 05:37 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-02 02:47 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 7/350 2026-11-01 22:01 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 21:45 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 16:48 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 22/1100 2026-11-01 16:35 by BCdvBAEpt3zm
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 14:48 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 12:38 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 18/900 2026-11-01 12:11 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 2027博士申请-临床检验诊断学、病原生物学、微生物方向 50+3 yyh@ 2026-10-28 4/200 2026-10-31 12:47 by 可淡不可忘
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭