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linyusuc

银虫 (小有名气)

[求助] MD盒子建构

请教各位,请问分子模拟中构建初始的模拟盒子能否较计算数值稍微大一些,随后使用,NVT系综进行另外的一个较小的盒子中的模拟呢?
这个NVT系综模拟之前还需要进行NPT下面的模拟,将模拟盒子的大小压缩到指定大小吗?请各位帮帮忙,因为要建构一个聚合物体系,始终也建不好,很着急! 首先表示我的感谢了!
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fangsteel

木虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 应助指数-1, 鼓励交流,但是应助回帖应有对于问题的解答。 2013-11-18 08:19:39
不太明白你的意思哎,想达到什么目的
gromacs
2楼2013-11-17 13:58:04
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linyusuc

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-11-17 13:58:04
不太明白你的意思哎,想达到什么目的

抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到对应的实验密度吗?还是采用其他的实现方法呢?
3楼2013-11-17 14:23:12
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-18 08:19:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-17 14:23:12
抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到 ...

思路是对的

加压使密度逐渐逼近实验密度
4楼2013-11-17 22:34:24
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-18 08:20:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-17 14:23:12
抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到 ...

是的,就是这么做的。
5楼2013-11-18 07:31:39
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