24小时热门版块排行榜    

查看: 1100  |  回复: 4

linyusuc

银虫 (小有名气)

[求助] MD盒子建构

请教各位,请问分子模拟中构建初始的模拟盒子能否较计算数值稍微大一些,随后使用,NVT系综进行另外的一个较小的盒子中的模拟呢?
这个NVT系综模拟之前还需要进行NPT下面的模拟,将模拟盒子的大小压缩到指定大小吗?请各位帮帮忙,因为要建构一个聚合物体系,始终也建不好,很着急! 首先表示我的感谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 应助指数-1, 鼓励交流,但是应助回帖应有对于问题的解答。 2013-11-18 08:19:39
不太明白你的意思哎,想达到什么目的
gromacs
2楼2013-11-17 13:58:04
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linyusuc

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-11-17 13:58:04
不太明白你的意思哎,想达到什么目的

抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到对应的实验密度吗?还是采用其他的实现方法呢?
3楼2013-11-17 14:23:12
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-18 08:19:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-17 14:23:12
抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到 ...

思路是对的

加压使密度逐渐逼近实验密度
4楼2013-11-17 22:34:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-18 08:20:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-17 14:23:12
抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到 ...

是的,就是这么做的。
5楼2013-11-18 07:31:39
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 linyusuc 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 9/450 2026-08-21 15:38 by dcqxinyang
[基金申请] 让我中一个面上吧! +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 18/900 2026-08-21 13:46 by 医学老男孩
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +23 yaoyewhu2008 2026-08-20 25/1250 2026-08-21 12:19 by Poppy1104
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
请填处理意见