24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1011  |  回复: 4

linyusuc

银虫 (小有名气)

[求助] MD盒子建构

请教各位,请问分子模拟中构建初始的模拟盒子能否较计算数值稍微大一些,随后使用,NVT系综进行另外的一个较小的盒子中的模拟呢?
这个NVT系综模拟之前还需要进行NPT下面的模拟,将模拟盒子的大小压缩到指定大小吗?请各位帮帮忙,因为要建构一个聚合物体系,始终也建不好,很着急! 首先表示我的感谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 应助指数-1, 鼓励交流,但是应助回帖应有对于问题的解答。 2013-11-18 08:19:39
不太明白你的意思哎,想达到什么目的
gromacs
2楼2013-11-17 13:58:04
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linyusuc

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-11-17 13:58:04
不太明白你的意思哎,想达到什么目的

抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到对应的实验密度吗?还是采用其他的实现方法呢?
3楼2013-11-17 14:23:12
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-18 08:19:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-17 14:23:12
抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到 ...

思路是对的

加压使密度逐渐逼近实验密度
4楼2013-11-17 22:34:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-18 08:20:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-17 14:23:12
抱歉,我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系,因为体系原子数目较多,因此可能就会存在原子之间距离过大的情况,那么图和避免这种的呢,是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子,之后使用NPT的高压力将其压缩到 ...

是的,就是这么做的。
5楼2013-11-18 07:31:39
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 linyusuc 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 11/550 2026-04-03 23:46 by hemengdong
[考研] 348分环境工程·调剂 +9 吴彦祖24k 2026-04-03 9/450 2026-04-03 22:06 by dongzh2009
[考研] 材料334求调剂 +9 Eecho# 2026-04-03 9/450 2026-04-03 21:38 by lbsjt
[考研] 301求调剂 +14 A_JiXing 2026-04-01 14/700 2026-04-03 18:31 by ls刘帅
[考研] 11408 359分 求调剂 +4 yfever 2026-03-28 4/200 2026-04-03 16:43 by asdfzly
[考研] 材料调剂 +15 一样YWY 2026-04-02 15/750 2026-04-03 15:39 by 晴空210210
[考研] 复试调剂 +5 春日来信- 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:01 by buqi613
[考研] 建环,能源,土木老师路过看一看!!! +5 嘿嘿uu 2026-04-01 5/250 2026-04-03 11:47 by znian
[考研] 0856材料与化工调剂,339 +14 10213207 2026-03-31 14/700 2026-04-02 21:01 by 1104338198
[考研] +4 雾与海 2026-04-02 5/250 2026-04-02 19:16 by 土木硕士招生
[考研] 22408 266求调剂 +3 masss11222 2026-04-02 3/150 2026-04-02 18:11 by 笔落锦州
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +20 Youth_ 2026-03-30 20/1000 2026-04-02 14:48 by 5896
[考研] 286分调剂 +20 Faune 2026-03-30 22/1100 2026-04-02 13:24 by clyblh
[考研] 化学工程专硕324分,一志愿中国矿业大学求调剂 +7 耿耿1314 2026-04-01 7/350 2026-04-02 07:40 by 尚水阁主
[考研] 0703求调剂 +4 zizimo 2026-03-31 4/200 2026-04-01 16:04 by yanflower7133
[考研] 求调剂:一志愿:南京大学 专业:0705 总分320 ,本科985,四六级已过 +3 lfy760306 2026-03-31 3/150 2026-04-01 01:57 by Creta
[考研] 080500-315分复试调剂 +9 上岸3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by 唐沐儿
[考研] 求化学调剂 +12 wulanna 2026-03-28 12/600 2026-03-31 16:38 by 690616278
[考研] 英一数一总分334求调剂 +4 陈阳坤 2026-03-31 4/200 2026-03-31 14:22 by 记事本2026
[考研] 求调剂 +7 争取九点睡 2026-03-28 8/400 2026-03-28 21:07 by 争取九点睡
信息提示
请填处理意见