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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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linyusuc

银虫 (小有名气)

[求助] MD盒子建构

请教各位，请问分子模拟中构建初始的模拟盒子能否较计算数值稍微大一些，随后使用，NVT系综进行另外的一个较小的盒子中的模拟呢？
这个NVT系综模拟之前还需要进行NPT下面的模拟，将模拟盒子的大小压缩到指定大小吗？请各位帮帮忙，因为要建构一个聚合物体系，始终也建不好，很着急！ 首先表示我的感谢了！
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1楼 2013-11-17 11:09:53
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-18 08:20:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-17 14:23:12
抱歉，我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系，因为体系原子数目较多，因此可能就会存在原子之间距离过大的情况，那么图和避免这种的呢，是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子，之后使用NPT的高压力将其压缩到 ...

是的，就是这么做的。
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5楼2013-11-18 07:31:39
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查看全部 5 个回答

fangsteel

木虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 应助指数-1, 鼓励交流，但是应助回帖应有对于问题的解答。 2013-11-18 08:19:39
不太明白你的意思哎，想达到什么目的
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gromacs
2楼2013-11-17 13:58:04
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-11-17 13:58:04
不太明白你的意思哎，想达到什么目的

抱歉，我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系，因为体系原子数目较多，因此可能就会存在原子之间距离过大的情况，那么图和避免这种的呢，是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子，之后使用NPT的高压力将其压缩到对应的实验密度吗？还是采用其他的实现方法呢？
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3楼2013-11-17 14:23:12
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-18 08:19:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-17 14:23:12
抱歉，我的意思就是较复杂的聚合物如何创建初始体系，因为体系原子数目较多，因此可能就会存在原子之间距离过大的情况，那么图和避免这种的呢，是需要首先构建稍微大一些的模拟盒子，之后使用NPT的高压力将其压缩到 ...

思路是对的

加压使密度逐渐逼近实验密度
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4楼2013-11-17 22:34:24
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