| 查看: 1733 | 回复: 5 | ||
lisuperyao铁杆木虫 (职业作家)
|
[求助]
求助一个gromacs的并行脚本
|
|
刚刚装好了 gromacs试着跑了一些教程 感觉输入指令太麻烦了 求一个能用的并行pbs脚本 我这里的linux系统版本是 Red Hat Enterprise Linux Server release 5.4 (Tikanga) 不知道系统是不是和脚本有关系 求各位帮助 |
回复此楼» 猜你喜欢
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有6人回复
-
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有6人回复
-
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有10人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有9人回复
-
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车
已经有10人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有24人回复
-
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性
已经有6人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有13人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 一个UDF并行报错
已经有17人回复
- gromacs安装出错求助
已经有4人回复
- 单机多核一个cpu的串行并行求助
已经有26人回复
- GROMACS安装时总是出现configure: error: Unknown FFT library，请问是什么原因
已经有9人回复
- 求助！！！有关树叶的一个问题
已经有5人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- gromacs 4.5.4并行安装
已经有8人回复
- Ubuntu 下自动安装gromacs
已经有11人回复
- 【讨论】gromacs 并行 mpirun
已经有4人回复
- 【求助】Gromacs 并行mpi报错
已经有3人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
已经有6人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】求助一个问题
已经有3人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】请问gromacs并行命令
已经有4人回复
2楼2013-08-09 14:37:36
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8272.5
- 散金: 58
- 红花: 4
- 帖子: 368
- 在线: 254.3小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-08-10 17:05:33
lisuperyao
铁杆木虫 (职业作家)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 22228.7
- 散金: 2500
- 红花: 4
- 帖子: 3029
- 在线: 273.5小时
- 虫号: 1210362
- 注册: 2011-02-23
- 专业: 化学反应工程
4楼2013-08-11 12:53:59
【答案】应助回帖
|
下面是，LAMMPI并行版本的 #!/bin/bash #PBS -N simg-gmx-test #PBS -l nodes=1:beta:ppn=24 #PBS -q simg_queue #PBS -j oe nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR #========setup environment======== export GMXLIB=/public/home/simg/software/gromacs_v4/share/top #========prepare parameters for lam mpi======== uniq $PBS_NODEFILE > lamnodes recon -v lamnodes lamboot -v lamnodes rm -f lamnodes #========runing script========== grompp_mpi_v4 -f em.mdp -c com.gro -n index.ndx -p com.top -o em.tpr mdrun_mpi_v4 -s em.tpr -o em.trr -x em.xtc -c b4md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v grompp_mpi_v4 -f md.mdp -c b4md.gro -n index.ndx -p com.top -o md.tpr mpirun -np $nprocs mdrun_mpi_v4 -s md.tpr -o md.trr -x md.xtc -c aft_md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v > log |
5楼2013-08-14 16:54:58
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
lisuperyao: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-08-15 19:00:24
lisuperyao: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-08-15 19:00:24
| 详细脚本见附件 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : pbs_gromacs.pbs
2013-08-14 16:56:11, 825 bytes
6楼2013-08-14 16:56:35