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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 求助一个gromacs的并行脚本

刚刚装好了 gromacs试着跑了一些教程 感觉输入指令太麻烦了
求一个能用的并行pbs脚本
我这里的linux系统版本是        Red Hat Enterprise Linux Server release 5.4 (Tikanga)
不知道系统是不是和脚本有关系
求各位帮助
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1楼 2013-08-09 14:19:38
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jiazhuamh

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
并行一般只用在mdrun这一步，最常用的命令mpirun -np 16 mdrun -v -deffnm md，这里16是你并行的核个数，要根据你自己服务器可用核的个数来指定，md是md.tpr文件前缀，所有输出文件的前缀也会使用，比如会输出md.edr、md.trr等
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所有的未来，赶快都来！
2楼2013-08-09 14:37:36
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
你提交作业的服务器上有安装PBS作业管理系统吗？要是没有安装的话，应该是不能用*.pbs脚本提交作业的吧？如果嫌命令行提交麻烦，那就写个简单的shell脚本吧，把需要每次提交作业重复的部分写好了，之后再提交作业修改一小部分就行了。
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努力的生活着
3楼2013-08-10 17:05:33
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-08-10 17:05:33
你提交作业的服务器上有安装PBS作业管理系统吗？要是没有安装的话，应该是不能用*.pbs脚本提交作业的吧？如果嫌命令行提交麻烦，那就写个简单的shell脚本吧，把需要每次提交作业重复的部分写好了，之后再提交作业修 ...

有pbs作业管理系统
能给我发个模板么？
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4楼2013-08-11 12:53:59
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

下面是，LAMMPI并行版本的

#!/bin/bash
#PBS -N simg-gmx-test
#PBS -l nodes=1:beta:ppn=24
#PBS -q simg_queue
#PBS -j oe

nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
cd $PBS_O_WORKDIR

#========setup environment========
export GMXLIB=/public/home/simg/software/gromacs_v4/share/top

#========prepare parameters for lam mpi========
uniq $PBS_NODEFILE > lamnodes
recon -v lamnodes
lamboot -v lamnodes
rm -f lamnodes

#========runing script==========
grompp_mpi_v4  -f em.mdp -c com.gro -n index.ndx -p com.top -o em.tpr
mdrun_mpi_v4 -s em.tpr -o em.trr -x em.xtc -c b4md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v
grompp_mpi_v4 -f md.mdp -c b4md.gro -n index.ndx -p com.top -o md.tpr
mpirun  -np $nprocs mdrun_mpi_v4 -s md.tpr -o md.trr -x md.xtc -c aft_md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v > log
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5楼2013-08-14 16:54:58
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
lisuperyao: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-08-15 19:00:24
详细脚本见附件
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  • 附件 1 : pbs_gromacs.pbs
    • 2013-08-14 16:56:11, 825 bytes
6楼2013-08-14 16:56:35
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