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lisuperyao铁杆木虫 (著名写手)
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[求助]
求助一个gromacs的并行脚本
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刚刚装好了 gromacs试着跑了一些教程 感觉输入指令太麻烦了 求一个能用的并行pbs脚本 我这里的linux系统版本是 Red Hat Enterprise Linux Server release 5.4 (Tikanga) 不知道系统是不是和脚本有关系 求各位帮助 |
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2楼2013-08-09 14:37:36
wangyan10
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3楼2013-08-10 17:05:33
lisuperyao
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4楼2013-08-11 12:53:59
【答案】应助回帖
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下面是，LAMMPI并行版本的 #!/bin/bash #PBS -N simg-gmx-test #PBS -l nodes=1:beta:ppn=24 #PBS -q simg_queue #PBS -j oe nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR #========setup environment======== export GMXLIB=/public/home/simg/software/gromacs_v4/share/top #========prepare parameters for lam mpi======== uniq $PBS_NODEFILE > lamnodes recon -v lamnodes lamboot -v lamnodes rm -f lamnodes #========runing script========== grompp_mpi_v4 -f em.mdp -c com.gro -n index.ndx -p com.top -o em.tpr mdrun_mpi_v4 -s em.tpr -o em.trr -x em.xtc -c b4md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v grompp_mpi_v4 -f md.mdp -c b4md.gro -n index.ndx -p com.top -o md.tpr mpirun -np $nprocs mdrun_mpi_v4 -s md.tpr -o md.trr -x md.xtc -c aft_md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v > log |
5楼2013-08-14 16:54:58
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
lisuperyao: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-08-15 19:00:24
lisuperyao: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-08-15 19:00:24
| 详细脚本见附件 |
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2013-08-14 16:56:11, 825 bytes
6楼2013-08-14 16:56:35