| 查看: 1802 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
lisuperyao铁杆木虫 (职业作家)
|
[求助]
求助一个gromacs的并行脚本
|
|
|
刚刚装好了 gromacs试着跑了一些教程 感觉输入指令太麻烦了 求一个能用的并行pbs脚本 我这里的linux系统版本是 Red Hat Enterprise Linux Server release 5.4 (Tikanga) 不知道系统是不是和脚本有关系 求各位帮助 |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂
已经有13人回复
-
285求调剂
已经有8人回复
-
22408 266求调剂
已经有6人回复
-
264求调剂
已经有8人回复
-
材料工程专业日语生求调剂
已经有9人回复
-
297求调剂
已经有15人回复
-
277、学硕，求调剂 数一104，
已经有12人回复
-
机械专硕273请求调剂
已经有3人回复
-
080100力学316求调剂
已经有3人回复
-
288环境专硕,求调材料方向
已经有39人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 一个UDF并行报错
已经有17人回复
- gromacs安装出错求助
已经有4人回复
- 单机多核一个cpu的串行并行求助
已经有26人回复
- GROMACS安装时总是出现configure: error: Unknown FFT library，请问是什么原因
已经有9人回复
- 求助！！！有关树叶的一个问题
已经有5人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- gromacs 4.5.4并行安装
已经有8人回复
- Ubuntu 下自动安装gromacs
已经有11人回复
- 【讨论】gromacs 并行 mpirun
已经有4人回复
- 【求助】Gromacs 并行mpi报错
已经有3人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
已经有6人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】求助一个问题
已经有3人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】请问gromacs并行命令
已经有4人回复
lisuperyao
铁杆木虫 (职业作家)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 22900.7
- 散金: 2500
- 红花: 4
- 帖子: 3085
- 在线: 273.5小时
- 虫号: 1210362
- 注册: 2011-02-23
- 专业: 化学反应工程
4楼2013-08-11 12:53:59
2楼2013-08-09 14:37:36
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8236.5
- 散金: 89
- 红花: 4
- 帖子: 371
- 在线: 255.2小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-08-10 17:05:33
【答案】应助回帖
|
下面是，LAMMPI并行版本的 #!/bin/bash #PBS -N simg-gmx-test #PBS -l nodes=1:beta:ppn=24 #PBS -q simg_queue #PBS -j oe nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR #========setup environment======== export GMXLIB=/public/home/simg/software/gromacs_v4/share/top #========prepare parameters for lam mpi======== uniq $PBS_NODEFILE > lamnodes recon -v lamnodes lamboot -v lamnodes rm -f lamnodes #========runing script========== grompp_mpi_v4 -f em.mdp -c com.gro -n index.ndx -p com.top -o em.tpr mdrun_mpi_v4 -s em.tpr -o em.trr -x em.xtc -c b4md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v grompp_mpi_v4 -f md.mdp -c b4md.gro -n index.ndx -p com.top -o md.tpr mpirun -np $nprocs mdrun_mpi_v4 -s md.tpr -o md.trr -x md.xtc -c aft_md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v > log |
5楼2013-08-14 16:54:58
