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ruthxu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Gromacs 并行mpi报错 已有1人参与

在机群分节点上跑mpi并行程序,总是报错
poll: protocol failure in circuit setup
p0_4227:  p4_error: Child process exited while making connection to remote process on c0105: 0
p0_4227: (4.143104) net_send: could not write to fd=4, errno = 32

而在主节点上运行就没有问题!

请教大家有没有遇到过这样的问题,怎么解决?

[ Last edited by ghcacj on 2011-3-15 at 22:03 ]
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Betterlatethannever!
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也出现了这么问题,不知道 你是怎么解决的啊
2楼2013-03-29 15:36:31
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ruthxu

金虫 (正式写手)

引用回帖:
1377453楼: Originally posted by wuhaigang at 2013-03-29 15:36:31
我也出现了这么问题,不知道 你是怎么解决的啊

1 保证分节点上能运行mpi
2 初始态结构式否合理
3 采用-pd 的并行方式,gromacs 默认的是-dd, 所以要在命令行加入-pd
Betterlatethannever!
3楼2013-03-29 17:23:36
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

引用回帖:
1377468楼: Originally posted by ruthxu at 2013-03-29 17:23:36
1 保证分节点上能运行mpi
2 初始态结构式否合理
3 采用-pd 的并行方式,gromacs 默认的是-dd, 所以要在命令行加入-pd...

嗯 谢谢
4楼2013-03-29 19:33:21
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