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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 单机多核一个cpu的串行并行求助
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zytcv

银虫 (小有名气)

[求助] 单机多核一个cpu的串行并行求助

各位前辈，小弟刚刚接触vasp，实验室的服务器是8核的，不确定是一个还是两个cpu，请问需不需要安装mpi啊？如果不安装，是不是就等于是用一个核计算啊？真心的很困扰...先在此谢过各位了！
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1楼 2012-05-23 20:10:46
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-24 20:47:40
并行的话肯定需要MPI，并且按并行方式编译才可以....
如果不是必须并行，譬如做NEB或大体系计算或赶时间，那就无所谓了，你可以同时多加几个作业....
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2楼2012-05-24 08:54:40
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖！ 2012-05-24 20:48:07
zytcv: 金币+5, ★有帮助 2012-05-31 17:21:27
如果你想用多个进程同时计算，就需要使用MPI。VASP是不支持OpenMP的。
如果你不安装MPI，一个计算任务就只有一个进程。
BTW，问一句CPU的个数和核的个数不一样啊？
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3楼2012-05-24 19:20:06
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-24 19:20:06:
如果你想用多个进程同时计算，就需要使用MPI。VASP是不支持OpenMP的。
如果你不安装MPI，一个计算任务就只有一个进程。
BTW，问一句CPU的个数和核的个数不一样啊？

"VASP是不支持OpenMP的."
这是哪里来的消息？
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4楼2012-05-25 08:47:29
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2012-05-25 08:47:29:
"VASP是不支持OpenMP的."
这是哪里来的消息？

好像他们推荐用Open MPI
不过我没编译成功
最后用了MPICH2
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timeflies..
5楼2012-05-25 09:39:01
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2012-05-25 16:34:53
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2012-05-25 08:47:29
"VASP是不支持OpenMP的."
这是哪里来的消息？...

VASP is an application for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) calculations using pseudopotentials and a plane wave basis set. Currently it is the most frequently used DFT code at NERSC. VASP is written in Fortran90 and is parallelized with MPI. The current version of VASP (5.2.11) does not have OpenMP implemented in the code.
http://www.nersc.gov/users/compu ... ectively-on-hopper/
自己google
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6楼2012-05-25 15:24:29
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-25 15:24:29
VASP is an application for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) calculations using pseudopotentials and a plane wave basis set. Currently it is the most frequently used DF ...

这里的vasp测试结果不就是OPEMMPI上的吗
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7楼2012-05-25 22:30:36
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 专家考核, 谢谢指教 2012-05-26 12:26:31
引用回帖:
7楼: Originally posted by hakuna at 2012-05-25 22:30:36
这里的vasp测试结果不就是OPEMMPI上的吗...

OpenMP和OpenMPI是两个东西，第一个是内存共享的线程并行，第二个是进程并行MPI的一个实例化程序～前者在软件有代码支持的时候不需要外加程序就可以使用，在单机多核的并行效率比MPI高。后者MPI是无论是否编译时采用了MPI的方式，在运行中都需要MPI程序帮助通信才可以，在多机并行上效率比MP高。
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思想重于技巧，内涵重于表象
8楼2012-05-25 22:47:27
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hakuna

木虫 (知名作家)
★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-05-26 15:30:46
引用回帖:
5楼: Originally posted by enola at 2012-05-25 09:39:01
好像他们推荐用Open MPI
不过我没编译成功
最后用了MPICH2...

可以参考下这里http://blog.csdn.net/linfengfeiye/article/details/5699176
不过，我没有试过
这里还有一个编译好的http://ishare.iask.sina.com.cn/f/17087514.html
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9楼2012-05-25 22:48:15
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教 2012-05-26 12:28:09
引用回帖:
3楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-24 19:20:06
如果你想用多个进程同时计算，就需要使用MPI。VASP是不支持OpenMP的。
如果你不安装MPI，一个计算任务就只有一个进程。
BTW，问一句CPU的个数和核的个数不一样啊？

严格说，CPU个数是以sockets，也就是CPU接口为准的，说白了，就是买了一个CPU还是俩CPU。而核数是一个CPU内又细分的核心数量。
由于现在基本都是多核心的CPU，所以对于多socket的工作站和服务器，都是按照core * socket来计算最大的总进程数的。
事实上，由于CPU缓存共享，核间并行的效率不如多socket来得实在～
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思想重于技巧，内涵重于表象
10楼2012-05-25 22:52:42
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