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zytcv

银虫 (小有名气)

[求助] 单机多核一个cpu的串行并行求助

各位前辈,小弟刚刚接触vasp,实验室的服务器是8核的,不确定是一个还是两个cpu,请问需不需要安装mpi啊?如果不安装,是不是就等于是用一个核计算啊?真心的很困扰...先在此谢过各位了!
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-24 20:47:40
并行的话肯定需要MPI,并且按并行方式编译才可以....
如果不是必须并行,譬如做NEB或大体系计算或赶时间,那就无所谓了,你可以同时多加几个作业....
2楼2012-05-24 08:54:40
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-24 19:20:06:
如果你想用多个进程同时计算,就需要使用MPI。VASP是不支持OpenMP的。
如果你不安装MPI,一个计算任务就只有一个进程。
BTW,问一句CPU的个数和核的个数不一样啊?

"VASP是不支持OpenMP的."
这是哪里来的消息?
4楼2012-05-25 08:47:29
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-25 15:24:29
VASP is an application for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) calculations using pseudopotentials and a plane wave basis set. Currently it is the most frequently used DF ...

这里的vasp测试结果不就是OPEMMPI上的吗
7楼2012-05-25 22:30:36
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hakuna

木虫 (知名作家)


liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-05-26 15:30:46
引用回帖:
5楼: Originally posted by enola at 2012-05-25 09:39:01
好像他们推荐用Open MPI
不过我没编译成功
最后用了MPICH2...

可以参考下这里http://blog.csdn.net/linfengfeiye/article/details/5699176
不过,我没有试过
这里还有一个编译好的http://ishare.iask.sina.com.cn/f/17087514.html
9楼2012-05-25 22:48:15
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by souledge at 2012-05-25 22:47:27
OpenMP和OpenMPI是两个东西,第一个是内存共享的线程并行,第二个是进程并行MPI的一个实例化程序~前者在软件有代码支持的时候不需要外加程序就可以使用,在单机多核的并行效率比MPI高。后者MPI是无论是否编译时采 ...

多敲了个I,那个地址应该是OPENMP,还有VASP测试结果
11楼2012-05-25 22:56:27
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
12楼: Originally posted by souledge at 2012-05-25 23:04:02
就是这个地址,清晰的说VASP不支持OpenMP,所以用了其他的方法来测试并行效率。
首先文章介绍了测试的两个程序,VASP和PWscf,前者是用MPI,后者支持OpenMP:

然后是上面有人已经摘抄的一段:
...

那这个怎么理解“However, by linking the code to the Cray multi-threaded scientific library (-lsci_mc12_mp) we are able to get some measure of the effects of threading upon its performance........”
13楼2012-05-25 23:08:34
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
15楼: Originally posted by zouming1979 at 2012-05-26 00:00:47
用MPI写的程序都是send,recv之类的代码,用OpenMP主要是在循环的地方加上一些编译导语,指导编译器如何进行代码多线程化的编译。
上面的这句话的意思要看完整段话,大概应该是说部分代码直接可以链接到cray多线程 ...

领教了,多谢谢
16楼2012-05-26 08:45:18
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