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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » top文件里的cgnr必须按顺序吗？
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] top文件里的cgnr必须按顺序吗？

比如从第一个原子开始，cgnr编号分别是112223446253...，这样可以吗？因为各原子的电荷在重新分配之后，同一个charge group里的原子不再连续了。请问这样可以吗？
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1楼 2014-11-21 20:17:52
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
吉米爱多(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-12-25 07:56:40
这个是可以的，手册上也讲到只有 atom ,type 是固定的，剩下的都可以按照自己的要求去处理！
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
2楼2014-12-25 07:55:23
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2014-12-25 07:55:23
这个是可以的，手册上也讲到只有 atom ,type 是固定的，剩下的都可以按照自己的要求去处理！

手册的5.6.1提到 “Atoms in the same charge group should always be ordered consecutively.” 但是进行了一次cgnr不按顺序排列的模拟，没有出现error
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3楼2014-12-25 10:52:07
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