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如何调整体系在盒子中的位置
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研究蛋白质的聚集，初始用genbox命令在盒子中加入许多蛋白单体，加入后许多都是在盒子边界上的，然后跑动力学，结束后所有单体都已经聚集在一起，但仍是位于盒子边界（聚集体的半径小于盒子边长，不存在放不下的情况），这样虽然在数据分析时因为是周期性的所以可能不会有差别，但用VMD对单个单体的动力学过程考察时会很不方便，想问下各位前辈有没有什么命令或方法可以将聚集体移到盒子中间？当然可以的话希望能对整个轨迹都进行修正。 由于从一开始许多单体就是跨边界的，所以应用trjconv -f -s -o -pbc mol -ur compact -center的效果并不理想…… |
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