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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs运行中如何取消在lincs中warning的最大限制
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fangsteel

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs运行中如何取消在lincs中warning的最大限制 已有1人参与

如题，lincs的warning的最大数目有限制，如何增大或修改

gromacs运行中如何取消在lincs中warning的最大限制
1.png
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gromacs
1楼 2014-08-04 22:35:12
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般的话最好不要取消提醒，一般都要解决错误提醒比较好，我看别的地方有这么说的
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2楼2014-08-05 12:31:38
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)
你这是跑的什么有这个提醒，我的体系出现这个警告是，体系没有平衡！继续跑了一下，就好了
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3楼2014-08-22 08:41:00
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhuimeng08 at 2014-08-22 08:41:00
你这是跑的什么有这个提醒，我的体系出现这个警告是，体系没有平衡！继续跑了一下，就好了

是因为体系实际约束加的太多了
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gromacs
4楼2014-08-22 10:21:59
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-08-22 10:21:59
是因为体系实际约束加的太多了...

那个我想问一下，那最后你是怎么解决的呢，我也遇到了这样的问题，还请指教╭(╯3╰)╮
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5楼2014-10-29 09:21:07
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)
我来顶一下吧！  我也想知道对于lincs的设置应该注意什么？
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
6楼2014-10-29 13:37:52
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-10-29 09:21:07
那个我想问一下，那最后你是怎么解决的呢，我也遇到了这样的问题，还请指教╭(╯3╰)╮...

这个不好弄，我把我的top文件又改了，不用原来的了，不让一直会跑崩溃
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gromacs
7楼2014-10-29 18:16:00
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-29 18:16:00
这个不好弄，我把我的top文件又改了，不用原来的了，不让一直会跑崩溃...

这个问题好难啊，top文件你是怎么修改的啊，能不能教教我
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8楼2014-10-30 15:45:58
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhuimeng08 at 2014-08-22 08:41:00
你这是跑的什么有这个提醒，我的体系出现这个警告是，体系没有平衡！继续跑了一下，就好了

继续怎么跑，是什么都不用修改的继续提交任务的吗？我提交了好多遍，都一直提醒体系没有平衡。我是已经进行了EM，正常结束后，运行NVT的时候提醒出错的，我是要一直提交NVT任务的吗？还请多多指教，都出了好多次错误了
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9楼2014-10-31 16:39:09
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-10-31 16:39:09
继续怎么跑，是什么都不用修改的继续提交任务的吗？我提交了好多遍，都一直提醒体系没有平衡。我是已经进行了EM，正常结束后，运行NVT的时候提醒出错的，我是要一直提交NVT任务的吗？还请多多指教，都出了好多次错 ...

还是想想办法改改top文件吧，别把constrain设置太多或者键长连得太多
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gromacs
10楼2014-11-01 20:12:32
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