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fangsteel

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs运行中如何取消在lincs中warning的最大限制 已有1人参与

如题,lincs的warning的最大数目有限制,如何增大或修改

gromacs运行中如何取消在lincs中warning的最大限制
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gromacs
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
一般的话最好不要取消提醒,一般都要解决错误提醒比较好,我看别的地方有这么说的
2楼2014-08-05 12:31:38
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)

你这是跑的什么有这个提醒,我的体系出现这个警告是,体系没有平衡!继续跑了一下,就好了
3楼2014-08-22 08:41:00
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fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhuimeng08 at 2014-08-22 08:41:00
你这是跑的什么有这个提醒,我的体系出现这个警告是,体系没有平衡!继续跑了一下,就好了

是因为体系实际约束加的太多了
gromacs
4楼2014-08-22 10:21:59
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-08-22 10:21:59
是因为体系实际约束加的太多了...

那个我想问一下,那最后你是怎么解决的呢,我也遇到了这样的问题,还请指教╭(╯3╰)╮
5楼2014-10-29 09:21:07
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

我来顶一下吧!  我也想知道对于lincs的设置应该注意什么?
只做不说,明知没地位,坚信有机会
6楼2014-10-29 13:37:52
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fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-10-29 09:21:07
那个我想问一下,那最后你是怎么解决的呢,我也遇到了这样的问题,还请指教╭(╯3╰)╮...

这个不好弄,我把我的top文件又改了,不用原来的了,不让一直会跑崩溃
gromacs
7楼2014-10-29 18:16:00
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-29 18:16:00
这个不好弄,我把我的top文件又改了,不用原来的了,不让一直会跑崩溃...

这个问题好难啊,top文件你是怎么修改的啊,能不能教教我
8楼2014-10-30 15:45:58
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhuimeng08 at 2014-08-22 08:41:00
你这是跑的什么有这个提醒,我的体系出现这个警告是,体系没有平衡!继续跑了一下,就好了

继续怎么跑,是什么都不用修改的继续提交任务的吗?我提交了好多遍,都一直提醒体系没有平衡。我是已经进行了EM,正常结束后,运行NVT的时候提醒出错的,我是要一直提交NVT任务的吗?还请多多指教,都出了好多次错误了
9楼2014-10-31 16:39:09
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fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-10-31 16:39:09
继续怎么跑,是什么都不用修改的继续提交任务的吗?我提交了好多遍,都一直提醒体系没有平衡。我是已经进行了EM,正常结束后,运行NVT的时候提醒出错的,我是要一直提交NVT任务的吗?还请多多指教,都出了好多次错 ...

还是想想办法改改top文件吧,别把constrain设置太多或者键长连得太多
gromacs
10楼2014-11-01 20:12:32
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