| 查看: 1958 | 回复: 0 | ||
gn02530640银虫 (小有名气)
|
[求助]
如何用 VMD 计算 rms displacement(均方位移) 和 torsion/dihedral distribution?
|
|
如题，我个人目前在做关于有机物小分子(非蛋白质)的动力学模拟分析，我看了一下 VMD 的 Analysis 选单似乎没有找到能够直接计算这两项数据的功能。 虽然是有 RMSD Trajectory Tool 之类的，但那应该是用来算 rms deviation 的，而不是 rms displacement/distance， 而 torsion/dihedral distribution 的计算似乎也是没有(Ramachandaran plot 应该是用来计算蛋白质的，不清楚可不可以算其他分子?)。 目前我知道 Material Studio 的 Forcite Analysis 是能够算的，但 MS 似乎不支持 dcd 文件格式。 这里想请教各位虫友的是，VMD 是否能够计算这两项数据? 是否需要自己写脚本? 又如果 VMD 不容易做到的话，该怎么将 dcd 轨迹档转换成 MS 可以支持的格式? 非常感谢各位。 |
回复此楼» 猜你喜欢
同事接到电话了，我却没有
已经有4人回复
-
准备明年的基金了
已经有5人回复
-
今年的WR进展到哪一步了？
已经有6人回复
-
这种情况还有戏吗
已经有8人回复
-
时间戳他又来了
已经有11人回复
-
小木虫看见有人已经知道结果了
已经有15人回复
-
这个自发加氧反应的机理是什么？
已经有6人回复
-
J-J-W不为人知的一面
已经有18人回复
-
没消息就是被刷了呗
已经有13人回复
-
水蒸气蒸馏法乳化现象
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
