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gn02530640银虫 (小有名气)
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如何用 VMD 计算 rms displacement(均方位移) 和 torsion/dihedral distribution?
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如题，我个人目前在做关于有机物小分子(非蛋白质)的动力学模拟分析，我看了一下 VMD 的 Analysis 选单似乎没有找到能够直接计算这两项数据的功能。 虽然是有 RMSD Trajectory Tool 之类的，但那应该是用来算 rms deviation 的，而不是 rms displacement/distance， 而 torsion/dihedral distribution 的计算似乎也是没有(Ramachandaran plot 应该是用来计算蛋白质的，不清楚可不可以算其他分子?)。 目前我知道 Material Studio 的 Forcite Analysis 是能够算的，但 MS 似乎不支持 dcd 文件格式。 这里想请教各位虫友的是，VMD 是否能够计算这两项数据? 是否需要自己写脚本? 又如果 VMD 不容易做到的话，该怎么将 dcd 轨迹档转换成 MS 可以支持的格式? 非常感谢各位。 |
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