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gn02530640

银虫 (小有名气)

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[求助] NAMD的conf文件，关于 NVE 和 NVT ensemble 的设定差别?

以下2个conf 文件，一个是教程里本身包含的 NVE conf 文件，一个是在网络上找到的 NVT conf文件，自己我比对后实在看不出有什么差异，有了解NAMD的虫友能说明一下吗? 非常感谢

ubq-nve.conf

#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                        ##
#############################################################

# Equilibration of Ubiquitin in a Water Sphere
# Use for calculating temperature fluctuations
# WARNING: DOES NOT SAVE DCD (and normally you need it)

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
#############################################################

structure       ../common/ubq_ws.psf
coordinates       ../common/ubq_ws.pdb

set temperature 310
set outputname    ubq-nve

# Continuing a job from the restart files
if {1} {
set inputname    ../1-2-sphere/ubq_ws_eq
binCoordinates    $inputname.restart.coor
binVelocities    $inputname.restart.vel  ;# remove the "temperature" entry if you use this!
extendedSystem    $inputname.restart.xsc
}

firsttimestep    0

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm       on
parameters       ../common/par_all27_prot_lipid.inp
#temperature       $temperature

# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.0
switching          on
switchdist       10.0
pairlistdist       13.5

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10

# Constant Temperature Control
if { 0 } {
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    5    ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens
}

# Output
outputName       $outputname

#restartfreq       50    ;# 500steps = every 1ps
#dcdfreq          50
outputEnergies    50
outputPressure    50

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################

# Spherical boundary conditions
sphericalBC       on
sphericalBCcenter 30.3081743413, 28.8049907121, 15.353994423
sphericalBCr1    26.0
sphericalBCk1    10
sphericalBCexp1    2

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

# Minimization
# minimize          100
# reinitvels       $temperature

run 500000 ;# 1000ps

NVT.conf

!if you set up a simulation with langevin dynamics but without pressure
!controls, it will be in the NVT ensemble. For example, the following is
!a modification of the ubiquitin equilibration file from the namd
!tutorial to be in the NVT ensemble:

#############################################################
## JOB DESCRIPTION ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of
# Ubiquitin in a Water Box

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
#############################################################

structure ../common/ubq_wb.psf
coordinates ../common/ubq_wb.pdb

set temperature 310
set outputname ubq_wb_eq

firsttimestep 0

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm on
parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp
temperature $temperature

# Force-Field Parameters
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
cutoff 12.
switching on
switchdist 10.
pairlistdist 13.5

# Integrator Parameters
timestep 2.0 ;# 2fs/step
rigidBonds all ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq 1
fullElectFrequency 2
stepspercycle 10

# Constant Temperature Control
langevin on ;# do langevin dynamics
langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 42. 0. 0.
cellBasisVector2 0. 44. 0.
cellBasisVector3 0. 0 47.
cellOrigin 31. 29. 17.5
wrapAll on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME yes
PMEGridSizeX 32
PMEGridSizeY 32
PMEGridSizeZ 32
useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell no
useConstantArea no

#Note the lack of langevinpiston, which is the pressure control

# Output
outputName $outputname
restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq 250
xstFreq 250
outputEnergies 100
outputPressure 100

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS ##
#############################################################

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT ##
#############################################################

# Minimization
minimize 100
reinitvels $temperature
run 2500 ;# 5ps

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1楼 2014-10-24 22:51:07

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