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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于用Gromacs计算分子个数的问题
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wungung

金虫 (初入文坛)

[求助] 关于用Gromacs计算分子个数的问题 已有1人参与

求助各位师兄师姐：
我将水、正辛醇、另一种分子在一个盒子中跑完动力学，想要计算这种分子在两相中的个数。
请问如何划分一个相界面，计算这种分子在两相中的个数呀？
我用的是Gromacs，不知用什么命令。
另外，不知vmd可以实现这个目的吗？

求帮助！
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1楼 2014-10-09 09:17:33
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wungung: 金币+5 2014-10-09 14:09:42
相界面的问题可以统计两相在某个方向的平均个数来衡量吧
至于统计数目问题，可以计算分子与水分子或者辛醇分子的距离，设置一个还是得长度来衡量吧。
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gromacs
2楼2014-10-09 12:16:47
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wungung

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-09 12:16:47
相界面的问题可以统计两相在某个方向的平均个数来衡量吧
至于统计数目问题，可以计算分子与水分子或者辛醇分子的距离，设置一个还是得长度来衡量吧。

谢谢前辈！

您说的统计两相在某个方向的平均个数，具体应该用什么命令来实现呢？

另外，计算分子间的距离，应该是用g_rdf吧，设置合适的长度应该在命令里面加入什么命令呀?

麻烦您指点一二！谢谢啦~
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3楼2014-10-09 14:09:28
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