24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1105  |  回复: 2

wungung

金虫 (初入文坛)

[求助] 关于用Gromacs计算分子个数的问题 已有1人参与

求助各位师兄师姐:
我将水、正辛醇、另一种分子在一个盒子中跑完动力学,想要计算这种分子在两相中的个数。
请问如何划分一个相界面,计算这种分子在两相中的个数呀?
我用的是Gromacs,不知用什么命令。
另外,不知vmd可以实现这个目的吗?

求帮助!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+5 2014-10-09 14:09:42
相界面的问题可以统计两相在某个方向的平均个数来衡量吧
至于统计数目问题,可以计算分子与水分子或者辛醇分子的距离,设置一个还是得长度来衡量吧。
gromacs
2楼2014-10-09 12:16:47
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wungung

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-09 12:16:47
相界面的问题可以统计两相在某个方向的平均个数来衡量吧
至于统计数目问题,可以计算分子与水分子或者辛醇分子的距离,设置一个还是得长度来衡量吧。

谢谢前辈!

您说的统计两相在某个方向的平均个数,具体应该用什么命令来实现呢?

另外,计算分子间的距离,应该是用g_rdf吧,设置合适的长度应该在命令里面加入什么命令呀?

麻烦您指点一二!谢谢啦~
3楼2014-10-09 14:09:28
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wungung 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +3 一样YWY 2026-04-03 3/150 2026-04-03 08:39 by wxiongid
[考研] 321求调剂 +3 认真求上学 2026-04-02 3/150 2026-04-03 08:38 by Jaylen.
[考研] 315分 085602 求调剂 +12 26考研上岸版26 2026-04-02 12/600 2026-04-03 08:17 by liveagain126
[考研] 生物学硕341求调剂 +3 你笑起来像云朵 2026-04-03 3/150 2026-04-03 08:15 by fangshan711
[考研] 338求调剂,一志愿能源动力,外语是日语203 +4 zzz,,r 2026-04-02 4/200 2026-04-03 07:42 by cc8418
[考研] 085600 295分求调剂 +17 W55j 2026-03-30 21/1050 2026-04-03 01:10 by BruceLiu320
[考研] 材料调剂 +7 一样YWY 2026-04-02 7/350 2026-04-02 21:49 by dongzh2009
[考研] 材料340分调剂 +7 夏夜晚风_long 2026-04-02 9/450 2026-04-02 21:20 by dongzh2009
[考研] 316求调剂 +12 舟自梗 2026-04-01 16/800 2026-04-02 17:33 by zzsw+
[考研] 275学硕081000服从调剂到其他专业,保不住本专业了 +7 一只小小水牛 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:23 by alice-2022
[考研] 0832食品科学与工程学硕282调剂 +4 鱼在水中游a 2026-04-02 7/350 2026-04-02 14:12 by baoball
[考研] 290求调剂085701 +3 1314捧花 2026-04-02 3/150 2026-04-02 13:34 by Ecowxq666!
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +10 哇呼哼呼哼 2026-04-01 11/550 2026-04-01 21:48 by chyhaha
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-30 16/800 2026-04-01 17:58 by 邱gl
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
[考研] 一志愿华南师范361分,化学求调剂 +4 Nicole88888 2026-04-01 4/200 2026-04-01 10:08 by 唐沐儿
[考研] 求调剂,一志愿北林食品与营养095500,301分,已过六级,有科研经历 +4 快乐储蓄罐 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:26 by JourneyLucky
[考研] 340求调剂 +4 希望如此i 2026-03-31 4/200 2026-03-31 16:40 by 690616278
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-29 9/450 2026-03-30 21:02 by dophin1985
[考研] 322求调剂 +10 宋明欣 2026-03-27 10/500 2026-03-30 18:47 by 544594351
信息提示
请填处理意见