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Tinker- xyzedit 无法归质心 跑动力学 小分子无法固定问题 期待解答
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LZ建好参数 用tinker跑动力学 于是就出现的如下画面 pdb中自带的结晶水脱离了蛋白周围 自成一派有一个水盒子的形态 大家可以看图 楼主分析可能是没归质心的原因 用tinker自带的./xyzedit *.xyz 其中（11） Translate Center of Mass to the Origin 但是选了11项没有任何反应 没有产生新的已经归好质心的xyz文件 另 lz做的小分子有三个配体 这三个配体无法好好的呆在一起 一做动力学 请问哪位大神知道如何固定小分子么？在key文件已经 定义了 周期性边界条件a-axis,b-axis,c-axis这样的关键词  MD.png |
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