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[求助]
急急急！！分子模拟作业求助！ 已有1人参与
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最近分子模拟期末考试，老师给布置了一道作业，由于课程学习的太快，还有安装gromacs需要linux系统，临时补电脑知识来不及了。求大神指导作业。 要求找到一个2014年最新解析的蛋白质三维结构（我做的蛋白PDB编号为4NMF） 作业要求： 1、给出该蛋白的分辨率（详细参数） 2、做MD模拟，给出基本参数 3、进行简单的分析，如RMSD分析、Rg分析等 详细过程保存成.dOC格式 另外，保存模拟过程中的.pdb .gro .itp .mdp .xvg 等文件 求大神长期指导，结束后拜师学习分子模拟。 daowenma1993@163.com |
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2楼2014-11-05 18:10:14
旺仔小馒头01
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 4917.2
- 红花: 13
- 帖子: 520
- 在线: 111.5小时
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- 专业: 功能与智能高分子
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
代三个表: 金币+3, ★有帮助 2014-11-05 18:45:42
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我简略说几句，拜师和长期指导什么的是没那能力了。 1. “蛋白的分辨率”，这个在PDB文件和原文献中都有~~~ 2. “做MD模拟”，把溶菌酶在水中模拟（有中文版，网上搜一下就有）的例子做一遍，改成自己的蛋白再做一遍。 3. 分析，上面的例子中也有~~ 4. 把这个过程记录下来即可，边做边写~~ 5. “.pdb .gro .itp .mdp .xvg 等文件”这些文件在做例子的过程中都会涉及，打开看看就知道了，不懂的地方再在网上或看看manual~~~ 就说这么多吧，希望对你有帮助~~  |
3楼2014-11-05 18:31:49
