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小兵ai石头

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎么从cif文件中提取所需要的分子的pdb文件?

我需要初始的b-cyclodextrin的pdb文件,于是按照参考文献,在CCDC下载了BCD-12H2O.cif 文件。
然后用GaussView打开,另存为pdb,再用VMD将pdb打开,看到一些破碎的b-cyclodextrin片段,还有一些水分子。

所以我的问题是,我该怎么得到b-cyclodextrin完整且单独的(无水)的pdb文件?或者是需要什么软件来做转化?
这个貌似是做分子模拟的基础问题,但是很困扰我啊,希望大家不吝指导!O(∩_∩)O谢谢
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小兵ai石头

铜虫 (初入文坛)

自己顶,求回答
2楼2014-10-29 11:26:43
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