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新手学习 KALP15 in DPPC实例咨询
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做了是实例一没问题，当时很受鼓舞，但在前段时间按教程做Tutorial 2: KALP15 in DPPC时，在进行到将dppc.pdb文件转换为gro文件卡住了，后面我是用editconf命令转换的，的那个是接下来的能量最小化过程时gmx grompp -f minim.mdp -c dppc128.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr，报错了， error：Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1# Generated 837 of the 2346 non-bonded parameter combinations ERROR 1 [file dppc.itp, line 112]: No default LJ-14 types ERROR 2 [file dppc.itp, line 113]: No default LJ-14 types ERROR 3 [file dppc.itp, line 114]: No default LJ-14 types ERROR 4 [file dppc.itp, line 115]: No default LJ-14 types ..................................................... ERROR 25 [file dppc.itp, line 136]: No default LJ-14 types ERROR 26 [file dppc.itp, line 137]: No default LJ-14 types ERROR 27 [file dppc.itp, line 138]: No default LJ-14 types ERROR 28 [file dppc.itp, line 139]: No default LJ-14 types ERROR 29 [file dppc.itp, line 140]: No default LJ-14 types Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'DPPC' Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL' 。不知道怎么解决。求各位前辈指导。祝大家身体健康，学习进步！ |
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2014-09-24 01:18:00, 545.38 K
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2楼2014-10-21 23:56:57
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