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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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好好学习444

超级版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 新手学习 KALP15 in DPPC实例咨询

做了是实例一没问题,当时很受鼓舞,但在前段时间按教程做Tutorial 2: KALP15 in DPPC时,在进行到将dppc.pdb文件转换为gro文件卡住了,后面我是用editconf命令转换的,的那个是接下来的能量最小化过程时gmx grompp -f minim.mdp -c dppc128.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr,报错了,
error:Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#
Generated 837 of the 2346 non-bonded parameter combinations

ERROR 1 [file dppc.itp, line 112]:
  No default LJ-14 types


ERROR 2 [file dppc.itp, line 113]:
  No default LJ-14 types


ERROR 3 [file dppc.itp, line 114]:
  No default LJ-14 types


ERROR 4 [file dppc.itp, line 115]:
  No default LJ-14 types
.....................................................

ERROR 25 [file dppc.itp, line 136]:
  No default LJ-14 types


ERROR 26 [file dppc.itp, line 137]:
  No default LJ-14 types


ERROR 27 [file dppc.itp, line 138]:
  No default LJ-14 types


ERROR 28 [file dppc.itp, line 139]:
  No default LJ-14 types


ERROR 29 [file dppc.itp, line 140]:
  No default LJ-14 types

Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'DPPC'
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'
  。不知道怎么解决。求各位前辈指导。祝大家身体健康,学习进步!
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说好努力的
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好好学习444

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

懂了,原来没有按要求做完好人家力场,原来把面势参数拷贝到另一个文ffbone的了.不是ffnonbond文件了

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说好努力的
2楼2014-10-21 23:56:57
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