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antechamber 小分子力场 加氢的问题
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| 我想建立一个硫酸小分子的力场参数，如果直接用高斯优化的H2SO4来产生的H2SO4.pdb, 按照antechamber TUTORIAL 的说明，最终产生参数文件，可是读取相应的坐标，结构差的太远了。而如果不不加硫酸中的两个氢原子的话，很顺利的得到了SO4的力场参数，并且最终SO4的坐标读出的结构也是正确的。 于是我又用reduce **.pdb > ***.pdb 命令，想在SO4的pdb里面加上H原子，再来得到h2so4的力场参数，可是H原子就是加不上，产生的pdb与SO4 的pdb 还是一样的。不知道怎样才能生成正确的H2SO4的力场参数文件，或者怎样才能在AMBER 下加入H原子呢？ 谢谢大家啦。 |
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