| 查看: 1442 | 回复: 0 | ||
[求助]
antechamber 小分子力场 加氢的问题
|
| 我想建立一个硫酸小分子的力场参数，如果直接用高斯优化的H2SO4来产生的H2SO4.pdb, 按照antechamber TUTORIAL 的说明，最终产生参数文件，可是读取相应的坐标，结构差的太远了。而如果不不加硫酸中的两个氢原子的话，很顺利的得到了SO4的力场参数，并且最终SO4的坐标读出的结构也是正确的。 于是我又用reduce **.pdb > ***.pdb 命令，想在SO4的pdb里面加上H原子，再来得到h2so4的力场参数，可是H原子就是加不上，产生的pdb与SO4 的pdb 还是一样的。不知道怎样才能生成正确的H2SO4的力场参数文件，或者怎样才能在AMBER 下加入H原子呢？ 谢谢大家啦。 |
回复此楼» 猜你喜欢
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有7人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有24人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有9人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有6人回复
-
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性
已经有6人回复
-
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车
已经有9人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有13人回复
-
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有4人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
已经有9人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人