| 查看: 1435 | 回复: 0 | |||
[求助]
antechamber 小分子力场 加氢的问题
|
| 我想建立一个硫酸小分子的力场参数，如果直接用高斯优化的H2SO4来产生的H2SO4.pdb, 按照antechamber TUTORIAL 的说明，最终产生参数文件，可是读取相应的坐标，结构差的太远了。而如果不不加硫酸中的两个氢原子的话，很顺利的得到了SO4的力场参数，并且最终SO4的坐标读出的结构也是正确的。 于是我又用reduce **.pdb > ***.pdb 命令，想在SO4的pdb里面加上H原子，再来得到h2so4的力场参数，可是H原子就是加不上，产生的pdb与SO4 的pdb 还是一样的。不知道怎样才能生成正确的H2SO4的力场参数文件，或者怎样才能在AMBER 下加入H原子呢？ 谢谢大家啦。 |
回复此楼» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有21人回复
-
垃圾破二本职称评审标准
已经有15人回复
-
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿
已经有20人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
-
谈谈两天一夜的“延安行”
已经有15人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有4人回复
-
聘U V热熔胶研究人员
已经有10人回复
-
求助文献
已经有3人回复
-
投稿返修后收到这样的回复，还有希望吗
已经有8人回复
-
三无产品还有机会吗
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
已经有9人回复- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人