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Gromacs/Amber/NAMD
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usprnugpzw
2026-02-22
刚刚
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Gromacs
]
【求助】如何定义DNA的长轴??
(1/636)
astringent
2011-01-24
2011-02-16 13:45:49
by
1dubo
[
Gromacs
]
【求助】为什么我用NAMD运行后的输出文件中没有LOG文件
(2/820)
07shenhan
2011-01-27
2011-02-16 13:44:48
by
1dubo
[
Gromacs
]
【求助】NAMD能设置非水分子外的其它小分子为刚性结构吗?
(1/422)
abin007
2011-02-15
2011-02-16 13:31:38
by
1dubo
[
Gromacs
]
【求助】如何定义dna axis
(2/485)
astringent
2011-01-25
2011-02-16 13:30:39
by
1dubo
[
Gromacs
]
【讨论】关于矩阵变换构成四聚体
(3/459)
nufang19a
2011-02-14
2011-02-14 22:15:25
by
nufang19a
[
Gromacs
]
【讨论】同源建模之后的能量最小化
(评阅+1)
(9/3040)
aquariusy
2010-12-30
2011-02-11 13:40:11
by
aquariusy
[
Gromacs
]
【求助】用Amber做MD,怎样得到 B-factor ?
(1/844)
voleyes
2011-01-25
2011-01-30 11:04:12
by
zixi
[
Gromacs
]
【求助】用Amber可以做主成分动力学(essential dynamics)吗?
(0/271)
vallen
2011-01-26
2011-01-26 17:44:28
by
vallen
[
Gromacs
]
【求助】关于dna axis的定义
(0/205)
astringent
2011-01-25
2011-01-25 05:30:52
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】蛋白质处理
(0/185)
fu19871111
2011-01-21
2011-01-21 10:04:14
by
fu19871111
[
Gromacs
]
【求助】namd怎么做不同温度的模拟
(3/729)
aquariusy
2011-01-18
2011-01-19 22:33:33
by
aquariusy
[
Gromacs
]
【求助】请问有谁可以给小弟推荐些细胞膜模拟的文章或读物,或国内哪个老师在做?
(1/379)
wdali
2011-01-18
2011-01-18 21:31:26
by
wally8962
[
Gromacs
]
[关贴]
【求助】对MSD编程中周期性边界的不解
(0/555)
astringent
2011-01-18
2011-01-18 16:55:42
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】弱弱的问t=0时刻是轨迹的第一步吗?
(0/197)
astringent
2011-01-18
2011-01-18 06:40:06
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】对MSD编程中周期性边界的不解
(0/387)
astringent
2011-01-18
2011-01-18 06:27:33
by
astringent
[
Gromacs
]
【讨论】晶体模拟
(评阅+1)
(4/902)
裴景颢
2011-01-12
2011-01-17 12:35:13
by
0610240
[
Gromacs
]
【求助】Amber中的MM-PBSA计算
(2/715)
voleyes
2011-01-15
2011-01-17 11:35:53
by
voleyes
[
Gromacs
]
【求助】关于RMSD的计算
(评阅+1)
(4/2728)
copyymk
2011-01-12
2011-01-15 18:46:15
by
yin_yin
[
Gromacs
]
【求助】关于碳氧键键长问题
(0/1477)
jianchaoyv
2011-01-14
2011-01-14 15:46:25
by
jianchaoyv
[
Gromacs
]
【求助】谁知道哪个计算软件中有keating势
(0/182)
2235803
2011-01-14
2011-01-14 08:14:48
by
2235803
[
Gromacs
]
【求助】请教两个关于均方位移的问题
(0/1120)
astringent
2011-01-14
2011-01-14 06:19:34
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】关于恒压周期性边界条件
(评阅+1)
(3/1306)
voleyes
2011-01-12
2011-01-13 00:12:54
by
cyyn2008cn
[
Gromacs
]
【求助】Amber中水分子的问题
(评阅+1)
(4/1347)
tingjun
2010-12-20
2011-01-10 09:35:56
by
tingjun
[
Gromacs
]
【求助】在盒子放入溶剂的问题 求助
(评阅+1)
(2/291)
591551904
2011-01-06
2011-01-08 17:16:07
by
591551904
[
Gromacs
]
【求助】gromacs的一个新问题
(评阅+1)
(2/1046)
zyj8119
2011-01-07
2011-01-07 23:17:58
by
zyj8119
[
Gromacs
]
【求助】蛋白质在不同pH下动力学模拟
(评阅+1)
(模拟EPI+1)
(5/2257)
aquariusy
2011-01-05
2011-01-07 20:19:17
by
aquariusy
[
Gromacs
]
【求助】关于自由能MM-PBSA的计算
(评阅+1)
(2/741)
vallen
2011-01-05
2011-01-05 20:50:13
by
sinokang
[
Gromacs
]
【求助】关于VMD中stride的选择问题
(评阅+1)
(0/707)
astringent
2011-01-05
2011-01-05 06:06:34
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】安装packmol的comfigure怎么指定编译器?
(评阅+1)
(13/1886)
zyj8119
2010-12-10
2010-12-31 23:52:21
by
cooloyyt
[
Gromacs
]
【求助】NAMD怎么做umbrella sampling
(评阅+1)
(0/339)
shabeir
2010-12-31
2010-12-31 15:26:51
by
shabeir
[
Gromacs
]
【求助】g_hbond中-ac的含义
(评阅+1)
(0/252)
shengxiang
2010-12-31
2010-12-31 08:44:00
by
shengxiang
[
Gromacs
]
【求助】MM_PBSA时报错
(评阅+1)
(0/269)
zanzhang
2010-12-29
2010-12-29 14:53:58
by
zanzhang
[
Gromacs
]
【求助】无法生成环糊精的psf文件
(评阅+1)
(4/1307)
hphp_2633819
2010-12-23
2010-12-24 10:19:44
by
wally8962
[
Gromacs
]
【求助】弱问有关AMBER远程调用的问题?
(3/705)
skee2008
2010-12-23
2010-12-23 21:34:34
by
ferlich
[
Gromacs
]
【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
(评阅+1)
(4/2236)
zh1987hs
2010-12-16
2010-12-23 10:32:03
by
zh1987hs
[
Gromacs
]
【求助】FENE bond potential
(评阅+1)
(4/1062)
ruthxu
2010-12-21
2010-12-21 20:28:03
by
ruthxu
[
Gromacs
]
【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf?pdb??谢谢指点
(
1
2
)
(评阅+1)
(14/1207)
nufang19a
2010-12-20
2010-12-21 15:54:28
by
wally8962
[
Gromacs
]
【求助】gromacs运行出错
(评阅+1)
(0/380)
夏天的鱼
2010-12-21
2010-12-21 11:08:25
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】在MS上建过蛋白质或肽链模型的高手进
(评阅+1)
(0/778)
tbq258
2010-12-21
2010-12-21 10:28:28
by
tbq258
[
Gromacs
]
【求助】Gromacs中的tabulate function
(评阅+1)
(金币≥1)
(2/30)
ruthxu
2010-12-18
2010-12-20 10:05:06
by
ruthxu
[
Gromacs
]
【求助】溶剂空间密度分布图?
(评阅+1)
(0/481)
zhulijuan001
2010-12-16
2010-12-16 10:25:41
by
zhulijuan001
[
Gromacs
]
【讨论】(高手请进!)AMBER中,末端二磷酸或三磷酸化的RNA/DNA其力场参数如何构建??
(评阅+1)
(金币≥50)
(1/38)
vip_zzc
2010-12-15
2010-12-16 08:46:39
by
vip_zzc
[
Gromacs
]
【讨论】大家看看我的RMSD图,给些指点,谢谢了
(评阅+1)
(6/1802)
nufang19a
2010-12-15
2010-12-15 23:12:39
by
zyj8119
[
Gromacs
]
【求助】请高手指导:amber9安装
(0/311)
我芹菜
2010-12-15
2010-12-15 17:03:03
by
我芹菜
[
Gromacs
]
【求助】what is biexponential fitting
(0/251)
astringent
2010-12-14
2010-12-14 17:54:16
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】gromacs出现错误:This usually means your system is exploding
(评阅+1)
(3/895)
wdali
2010-11-13
2010-12-14 04:05:22
by
zyj8119
[
Gromacs
]
【求助】求助详细安装gromacs的步骤,谢谢
(评阅+1)
(3/874)
xiao_2008
2010-12-12
2010-12-14 03:41:22
by
zyj8119
[
Gromacs
]
【求助】编译NAMD出现问题
(评阅+1)
(1/411)
zyj8119
2010-12-11
2010-12-14 03:38:03
by
zyj8119
[
Gromacs
]
【讨论】大家好,加水后跑完分子动力学,在log中发现了问题
(
1
2
)
(评阅+1)
(15/2701)
nufang19a
2010-12-12
2010-12-14 01:43:52
by
nufang19a
[
Gromacs
]
【求助】怎样使用VMD查看配体-受体之间空腔内的水分子?
(0/1059)
zanzhang
2010-12-13
2010-12-13 21:11:05
by
zanzhang
[
Gromacs
]
【求助】羧酸的AMBER力场参数
(0/314)
shengxiang
2010-12-11
2010-12-11 20:38:19
by
shengxiang
[
Gromacs
]
【讨论】生成立方水体前后中心位置有变化,什么原因??谢谢
(5/592)
nufang19a
2010-12-10
2010-12-10 19:07:49
by
nufang19a
[
Gromacs
]
【求助】已搜索,无:如何使用VMD使配体和受体合并
(评阅+1)
(6/1782)
我芹菜
2010-12-08
2010-12-10 11:16:58
by
wally8962
[
Gromacs
]
【求助】Amber中同样的初始文件多次运行结果相同吗?
(0/213)
auybv
2010-12-03
2010-12-03 22:01:31
by
auybv
[
Gromacs
]
【求助】如何合并文件 pdb psf
(评阅+1)
(4/2074)
ouczhouyi
2010-12-01
2010-12-03 19:46:44
by
leewz922
[
Gromacs
]
【求助】NAMD能算斜的晶格体系吗
(评阅+1)
(3/379)
lanse123
2010-12-01
2010-12-03 12:01:06
by
wally8962
[
Gromacs
]
【求助】namd 密度控制
(
1
2
)
(评阅+1)
(13/849)
ouczhouyi
2010-11-10
2010-12-03 10:00:14
by
席月调琴
[
Gromacs
]
【求助】NAMD中的segment是什么意思?
(评阅+1)
(3/1432)
leewz922
2010-12-01
2010-12-02 20:50:36
by
wally8962
[
Gromacs
]
【求助】小分子导入
(评阅+1)
(0/275)
zhulijuan001
2010-12-01
2010-12-01 10:03:26
by
zhulijuan001
[
Gromacs
]
【求助】相关函数中时间起点的问题
(评阅+1)
(1/175)
astringent
2010-11-30
2010-12-01 08:42:58
by
manutdhk
[
Gromacs
]
【求助】各位用NAMD的同志,帮个忙
(评阅+1)
(2/310)
erylingjet
2010-11-12
2010-11-29 16:39:01
by
liuxiaomai
[
Gromacs
]
【求助】如何利用xdrfile库将trr/xtc文件的坐标文件存入二维数组?
(评阅+1)
(0/246)
xiaowu759
2010-11-28
2010-11-28 18:49:08
by
xiaowu759
[
Gromacs
]
【求助】求助实际时间与t=0的时间间隔问题
(评阅+1)
(1/325)
astringent
2010-11-28
2010-11-28 17:54:55
by
yahoohoo
[
Gromacs
]
【讨论】rdf
(评阅+1)
(6/942)
zhulijuan001
2010-11-24
2010-11-26 12:23:44
by
老虎大王
[
Gromacs
]
【求助】VMD如何选定重原子
(评阅+1)
(3/1018)
leewz922
2010-11-21
2010-11-24 15:33:15
by
leewz922
[
Gromacs
]
【讨论】g_density命令问题
(评阅+1)
(0/861)
suny2005
2010-11-24
2010-11-24 13:01:14
by
suny2005
[
Gromacs
]
【求助】GROMACS中如何派生金属酶的金属离子参数
(评阅+1)
(0/568)
zh1987hs
2010-11-23
2010-11-23 23:14:00
by
zh1987hs
[
Gromacs
]
【求助】求助如何理解相关函数
(评阅+1)
(2/988)
astringent
2010-11-14
2010-11-23 17:53:26
by
yahoohoo
[
Gromacs
]
[关贴]
【求助】应该怎么看ions.itp
(评阅+1)
(1/511)
memgr
2010-11-19
2010-11-21 21:14:10
by
memgr
[
Gromacs
]
【求助】文件类型区别
(0/288)
夏天的鱼
2010-11-20
2010-11-20 20:36:48
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】Amber残基改动
(评阅+1)
(2/650)
夏天的鱼
2010-11-19
2010-11-19 15:35:45
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】这是怎么回事呢
(评阅+1)
(5/588)
memgr
2010-11-17
2010-11-19 10:04:56
by
liqingwen
[
Gromacs
]
【讨论】键相互作用势能使用?
(评阅+1)
(0/556)
kjl3283
2010-11-17
2010-11-17 09:59:56
by
kjl3283
[
Gromacs
]
【讨论】(欢迎大家来探讨)有关周期性边界模拟与非周期边界模拟的若干问题。。
(评阅+1)
(金币≥50)
(0/76)
vip_zzc
2010-11-16
2010-11-16 19:09:44
by
vip_zzc
[
Gromacs
]
【求助】solvating the protein出现问题
(评阅+1)
(4/771)
nufang19a
2010-11-11
2010-11-16 13:18:07
by
nufang19a
[
Gromacs
]
【求助】gromacs的并行计算
(1/693)
zh1987hs
2010-07-03
2010-11-15 22:48:46
by
yipan01
[
Gromacs
]
【求助】求Amber的国内代理
(2/314)
超人与小木虫
2010-11-12
2010-11-15 10:43:16
by
超人与小木虫
[
Gromacs
]
【讨论】哪个模拟软件国外比较认可
(
1
2
)
(18/3415)
lyfxie8607
2010-01-24
2010-11-13 19:37:26
by
jumper158
[
Gromacs
]
【求助】vlimit exceeded 错误
(评阅+1)
(0/321)
zhulijuan001
2010-11-12
2010-11-12 09:20:16
by
zhulijuan001
[
Gromacs
]
[关贴]
【求助】关于分子模拟的期刊
(评阅+1)
(1/580)
liqingwen
2010-11-11
2010-11-12 09:07:17
by
amynihao
[
Gromacs
]
【讨论】钾离子通道蛋白在产生psf文件时有个问题
(评阅+1)
(1/632)
nufang19a
2010-11-11
2010-11-11 01:14:14
by
nufang19a
[
Gromacs
]
【讨论】各位帮忙诊断我进行的SMD模拟有没有错误,先谢谢了
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nufang19a
2010-11-08
2010-11-10 15:38:45
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nufang19a
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【求助】gromacs
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我是胖胖熊
2010-11-06
2010-11-07 20:54:31
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【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗?如何选择?
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auybv
2010-10-24
2010-11-03 12:39:10
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fu19871111
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【求助】各位高手:能否上传一份xmgrace的教程
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nufang19a
2010-11-03
2010-11-03 12:10:14
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【求助】二硫键能量分析
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xulinan
2010-10-26
2010-11-03 09:48:47
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nwuzqj
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【求助】Al的力场参数
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lan626
2010-11-01
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【求助】如何理解动力学中平均
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astringent
2010-11-01
2010-11-01 21:00:15
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【求助】关于gromacs中辅酶的问题
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我是胖胖熊
2010-11-01
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【求助】CVFF力场能导入NAMD中么?
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kingtin
2010-10-28
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043114076
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【分享】VMD中文教程
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sinokang
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【求助】mdrun 之后出现segmentation fault 怎么解决?
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【求助】how can write code to extract atom coordiates form dcd file
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【求助】请问哪位投过 Biophysics J ?
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【讨论】用syby分子对接 求吉布斯自由能
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gql119
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zhulijuan001
2010-10-20
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zhulijuan001
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