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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】动力学模拟二硫键的影响
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】动力学模拟二硫键的影响 已有4人参与

请问一下，在动力学模拟中二硫键会不会断掉啊？
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科研就是讨论出来的
1楼 2011-01-10 17:32:52
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
要是断掉了，算不算错？
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科研就是讨论出来的
2楼2011-01-10 18:55:17
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xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
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zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-14 16:32:32
默认是不会断掉的，不过你可以设置在模拟时允许它断掉。至于是否保护二硫键就得看相关的文献了，比如生化实验有报道生理条件下二硫键是可能断的，你就不能保护；若文献报道你研究的二硫键很稳定，肯定不会断，那就得保护。通常不保护的居多。
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3楼2011-01-14 12:26:48
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0610240

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问楼主，模拟分子动力学过程所用的软件是什么？MATLAB可以实现吗？
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因为没有路，所以我选择飞翔
4楼2011-01-17 12:27:16
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 0610240 at 2011-01-17 12:27:16:
请问楼主，模拟分子动力学过程所用的软件是什么？MATLAB可以实现吗？

MATLAB不行，我用的是amber，当然还有好多其他的
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科研就是讨论出来的
5楼2011-01-18 08:50:32
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0610240

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我要模拟的分子是小分子，不是生物大分子 是铌酸锂LiNbO3 amber可以吗？
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2011-01-18 08:50:32:

MATLAB不行，我用的是amber，当然还有好多其他的

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因为没有路，所以我选择飞翔
6楼2011-01-18 18:36:45
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-01-19 16:40:23
引用回帖:
Originally posted by 0610240 at 2011-01-18 18:36:45:
我要模拟的分子是小分子，不是生物大分子 是铌酸锂LiNbO3 amber可以吗？



这个比较麻烦，因为没有自带的参数
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科研就是讨论出来的
7楼2011-01-19 09:32:57
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1dubo

银虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 有道理 2011-02-18 22:50:10
matlab只是一种编程语言，想C、fortune等等
分子动力学模拟软件有很多：如NAMDA Gromacs 等等，不能混为一谈啊
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8楼2011-02-16 13:56:30
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