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aquariusy木虫 (小有名气)
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【求助】蛋白质在不同pH下动力学模拟 已有3人参与
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| 请问蛋白质在不同pH下动力学模拟能做吗？是不是和电荷有关系？最近刚开始用NAMD，还不太懂，请教大家了 |
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2楼2011-01-05 22:18:37
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5, 模拟EPI+1):谢谢 2011-01-08 14:41:00
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经典MD不能处理pH值的理由 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid90885 1 先搞清楚蛋白侧链和封端结构的pKa值, 比如这里的总结 http://hi.baidu.com/bay__gulf618 ... 86d27728b65d4.html# 2 通过基团的pKa 和环境的pH, 确定基团的质子化状态 一般的分析化学手册上都有公式 在线预测可以使用PROPKA 或H++ http://www.mdbbs.org/thread-6738-1-9.html 3 力场中默认的质子化状态都是中性pH 下的, 如果要改变, 可以使用patch http://www.mdbbs.org/thread-10227-1-4.html |
5楼2011-01-07 11:40:36
aquariusy
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