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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】蛋白质在不同pH下动力学模拟
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aquariusy

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】蛋白质在不同pH下动力学模拟 已有3人参与

请问蛋白质在不同pH下动力学模拟能做吗？是不是和电荷有关系？最近刚开始用NAMD，还不太懂，请教大家了
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1楼 2011-01-05 22:02:25
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aquariusy

木虫 (小有名气)
那请问具体怎么操作啊？比如流程之类的，我刚上手还不太懂
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3楼2011-01-06 21:24:55
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查看全部 6 个回答

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-06 09:15:20
可以根据不同pH下氨基酸不同电离状态来建模
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2楼2011-01-05 22:18:37
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-08 14:40:49
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2011-01-06 21:24:55:
那请问具体怎么操作啊？比如流程之类的，我刚上手还不太懂

那就从基础学起吧。论坛上问点tips还行，要问清整个流程就不现实了。
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4楼2011-01-07 10:56:01
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5, 模拟EPI+1):谢谢 2011-01-08 14:41:00
经典MD不能处理pH值的理由
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid90885

1 先搞清楚蛋白侧链和封端结构的pKa值, 比如这里的总结
http://hi.baidu.com/bay__gulf618 ... 86d27728b65d4.html#

2 通过基团的pKa 和环境的pH, 确定基团的质子化状态
一般的分析化学手册上都有公式
在线预测可以使用PROPKA 或H++
http://www.mdbbs.org/thread-6738-1-9.html

3 力场中默认的质子化状态都是中性pH 下的, 如果要改变, 可以使用patch
http://www.mdbbs.org/thread-10227-1-4.html
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5楼2011-01-07 11:40:36
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