应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】蛋白质在不同pH下动力学模拟
61/1返回列表
查看: 2611  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

aquariusy

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】蛋白质在不同pH下动力学模拟 已有3人参与

请问蛋白质在不同pH下动力学模拟能做吗？是不是和电荷有关系？最近刚开始用NAMD，还不太懂，请教大家了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-01-05 22:02:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-06 09:15:20
可以根据不同pH下氨基酸不同电离状态来建模
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-01-05 22:18:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aquariusy

木虫 (小有名气)
那请问具体怎么操作啊？比如流程之类的，我刚上手还不太懂
赞一下 回复此楼
3楼2011-01-06 21:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-08 14:40:49
引用回帖:
Originally posted by aquariusy at 2011-01-06 21:24:55:
那请问具体怎么操作啊？比如流程之类的，我刚上手还不太懂

那就从基础学起吧。论坛上问点tips还行，要问清整个流程就不现实了。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-01-07 10:56:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5, 模拟EPI+1):谢谢 2011-01-08 14:41:00
经典MD不能处理pH值的理由
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid90885

1 先搞清楚蛋白侧链和封端结构的pKa值, 比如这里的总结
http://hi.baidu.com/bay__gulf618 ... 86d27728b65d4.html#

2 通过基团的pKa 和环境的pH, 确定基团的质子化状态
一般的分析化学手册上都有公式
在线预测可以使用PROPKA 或H++
http://www.mdbbs.org/thread-6738-1-9.html

3 力场中默认的质子化状态都是中性pH 下的, 如果要改变, 可以使用patch
http://www.mdbbs.org/thread-10227-1-4.html
赞一下(5人) 回复此楼
5楼2011-01-07 11:40:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aquariusy

木虫 (小有名气)
谢谢，看来还有好多要学的东西啊
赞一下 回复此楼
6楼2011-01-07 20:19:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 aquariusy 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 04:05 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 5/250 2026-11-15 03:21 by xSrQNSSjcgoX
[文学芳草园] 厉娜 +4 张丹枫1991 2026-11-09 6/300 2026-11-15 00:48 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 10/500 2026-11-15 00:39 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-15 00:35 by Equinoxhua
[考博] 27博士 +6 锦鲤送福至 2026-11-10 6/300 2026-11-14 21:23 by xupeii
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1Nb0IVlmV6v0 2026-11-11 4/200 2026-11-13 11:18 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 11:04 by Equinoxhua
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 5/250 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:26 by ECLTXnJnRSXf
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:33 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-12 11:25 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:14 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 5/250 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:36 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:25 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 17:03 by TgvkbZZl9tqB
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭