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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】已搜索，无：如何使用VMD使配体和受体合并
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我芹菜

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】已搜索，无：如何使用VMD使配体和受体合并

软件：VMD
对象：复合物一，蛋白质二，（复合物一中蛋白质和蛋白质二属于二聚体中的两个部分）
目标：复合物一的受体复制到蛋白质二的腔中
据说VMD可以达到以上的目的，请教各位知道的大虾，进行指导，谢谢。。。
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1楼2010-12-08 09:21:49
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wally8962

木虫 (著名写手)
你是要做图？进行结构分析？
还是要生成可供计算的结构？
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2楼2010-12-08 16:12:19
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-09 17:41:24
不是很明白你要干嘛，直接用VMD打开，两个都开了，假如位置就是对的，你直接拿记事本，把两个文件的内容放在一起就行了……
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3楼2010-12-09 00:20:58
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我芹菜

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-08 16:12:19:
你是要做图？进行结构分析？
还是要生成可供计算的结构？

我要生成可以进行动力学的结构
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4楼2010-12-10 08:58:19
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我芹菜

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2010-12-09 00:20:58:
不是很明白你要干嘛，直接用VMD打开，两个都开了，假如位置就是对的，你直接拿记事本，把两个文件的内容放在一起就行了……

两个可以都打开，但是位置不对，不知道可不可以达到我想要的复合结构。。。
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5楼2010-12-10 08:59:21
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-10 10:38:09
我芹菜(金币+1): 2010-12-12 09:53:13
做动力学的话就按你做动力学的软件的法子来。
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6楼2010-12-10 09:55:42
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-10 12:21:41
我芹菜(金币+1): 2010-12-12 09:53:10
引用回帖:
Originally posted by 我芹菜 at 2010-12-10 08:59:21:

两个可以都打开，但是位置不对，不知道可不可以达到我想要的复合结构。。。

如果是要在vmd里面移动一个对象，有很多方法。

最简单的，移动一个分子，键盘快捷键，按数字“6”，然后用鼠标拖动分子，即可平移
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7楼2010-12-10 11:16:58
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