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Gromacs/Amber/NAMD
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雨念
2026-02-06
刚刚
[
Gromacs
]
【求助】如何看dna结构
(评阅+1)
(0/1194)
astringent
2010-10-20
2010-10-20 02:05:07
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】请教vmd语言tcl的问题
(1/704)
luokei
2010-10-19
2010-10-19 20:23:25
by
bay__gulf
[
Gromacs
]
【求助】xleap 中去除model 中某个残基上的原子
(评阅+1)
(1/328)
zhulijuan001
2010-10-18
2010-10-19 15:51:43
by
zhulijuan001
[
Gromacs
]
【求助】用gromacs固定蛋白质主链能量最小化
(0/280)
jackwangee
2010-10-11
2010-10-11 15:00:31
by
jackwangee
[
Gromacs
]
【讨论】(急!!)如何用AMBER模拟RNA/DNA,关键是怎么处理输入文件!!
(评阅+1)
(3/1662)
vip_zzc
2010-10-06
2010-10-10 15:33:42
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】最小化方法的选择
(评阅+1)
(4/556)
zhulijuan001
2010-10-07
2010-10-08 08:42:20
by
zhulijuan001
[
Gromacs
]
【求助】请问谁有GROMOS96的学习材料
(3/664)
dolphin618
2010-09-01
2010-10-07 08:00:09
by
dolphin618
[
Gromacs
]
【求助】md出错了,怎么办?
(评阅+1)
(1/502)
astringent
2010-09-28
2010-10-06 12:01:33
by
liqingwen
[
Gromacs
]
【求助】用Amber处理小分子的问题
(评阅+2)
(1/265)
zhj10.26
2010-10-03
2010-10-04 17:10:36
by
zhj10.26
[
Gromacs
]
【原创】【求助】desmong做p450的动力学出现了问题
(评阅+1)
(0/235)
jhonsmith001
2010-09-30
2010-09-30 19:05:30
by
jhonsmith001
[
Gromacs
]
【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了
(7/865)
ptf1242
2010-09-30
2010-09-30 13:43:41
by
ptf1242
[
Gromacs
]
【求助】amber计算纳米碳管体系
(2/612)
上书房行走
2010-09-13
2010-09-30 11:15:51
by
zh1987hs
[
Gromacs
]
【求助】求金属离子的参数
(4/1504)
donglh
2010-08-20
2010-09-28 04:58:45
by
gzgzgz
[
Gromacs
]
【求助】namd出错 DIDN'T FIND vdW PARAMETER
(1/1566)
574384607
2010-08-07
2010-09-27 21:48:49
by
liqingwen
[
Gromacs
]
【求助】求助Gromacs膜蛋白模拟的操作过程
(评阅+1)
(1/333)
Jfreda
2010-09-25
2010-09-27 15:44:58
by
zhlrui
[
Gromacs
]
【求助】文献提到smd,力加在Cβ in Cys12原子上是什么意思
(0/527)
luokei
2010-09-27
2010-09-27 09:25:47
by
luokei
[
Gromacs
]
【求助】用gromacs怎么将两个轨迹文件整合为一个文件来做rmsd分析?
(评阅+1)
(0/1437)
pickle116
2010-09-26
2010-09-26 09:42:56
by
pickle116
[
Gromacs
]
【求助】如何提高GPU在NAMD中的使用占有率
(评阅+1)
(0/463)
pickle116
2010-09-25
2010-09-25 12:42:26
by
pickle116
[
Gromacs
]
【求助】怎么算呢?
(2/312)
memgr
2010-09-16
2010-09-25 09:32:32
by
memgr
[
Gromacs
]
【讨论】请问大家模拟以后有实验佐证吗
(8/1094)
ptf1242
2010-09-23
2010-09-24 20:09:38
by
tjegg
[
Gromacs
]
【求助】amber功能探讨
(评阅+1)
(9/1555)
夏天的鱼
2010-09-10
2010-09-21 16:06:53
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】amber最小化输入请教
(评阅+1)
(0/281)
夏天的鱼
2010-09-21
2010-09-21 15:10:53
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】amber 求助
(金币≥10)
(1/58)
jiayuxiang
2010-09-20
2010-09-20 10:21:39
by
jerryking
[
Gromacs
]
【求助】OXT问题
(评阅+1)
(0/608)
tingjun
2010-09-16
2010-09-16 22:42:12
by
tingjun
[
Gromacs
]
【求助】是否有影响呢?
(评阅+1)
(0/192)
memgr
2010-09-16
2010-09-16 11:08:21
by
memgr
[
Gromacs
]
【求助】histo-clust是什么意思
(评阅+1)
(4/724)
memgr
2010-09-12
2010-09-13 15:12:01
by
memgr
[
Gromacs
]
【求助】AMBER ATP
(评阅+1)
(1/556)
tingjun
2010-09-08
2010-09-11 08:36:58
by
tingjun
[
Gromacs
]
【原创】一些简单的MD的代码学习
(评阅+10)
(0/338)
zyj8119
2010-09-10
2010-09-10 17:02:10
by
zyj8119
[
Gromacs
]
【求助】诡异的轨迹输出
(评阅+1)
(0/373)
memgr
2010-09-09
2010-09-09 19:17:20
by
memgr
[
Gromacs
]
【求助成功】自己建了一个GRO FILE,运行的时候出现这个问题
(3/523)
zyj8119
2010-04-08
2010-09-09 08:27:26
by
zyj8119
[
Gromacs
]
【求助】请问磷脂双层结构要怎么构建?
(3/673)
夏天的鱼
2010-09-07
2010-09-08 16:44:12
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】蛋白分子加脂层
(5/500)
夏天的鱼
2010-09-06
2010-09-08 14:40:24
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】pdb里面缺一个残基,请求帮助
(评阅+1)
(1/362)
z5476t4508
2010-08-29
2010-09-08 12:57:17
by
pickle116
[
Gromacs
]
【转帖】gromacs 4.5 for MS windows
(1/609)
linxi1454
2010-09-03
2010-09-07 19:54:13
by
wulie0411
[
Gromacs
]
【求助】NAMD进行恒温压缩的过程中,原子速度过大,怎么解决?
(2/554)
yylww
2010-09-05
2010-09-05 19:11:12
by
manutdhk
[
Gromacs
]
【求助】弱弱地问一句:CASP模拟出来的pdb文件与www.pdb.org中的pdb文件是否一样
(0/470)
nufang19a
2010-09-05
2010-09-05 09:47:07
by
nufang19a
[
Gromacs
]
【求助】namd文献中提到做体系模拟前,先要relax the system,这里的relax指的是min还
(1/377)
luokei
2010-09-04
2010-09-04 18:04:57
by
yahoohoo
[
Gromacs
]
【求助】有关namd
(0/254)
astringent
2010-09-04
2010-09-04 15:12:18
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】amber10安装,有关MKL和blas库的疑问
(3/1001)
petersen
2010-09-03
2010-09-03 17:24:00
by
zhuhongaaa
[
Gromacs
]
【求助】动力学能量优化的问题!
(1/573)
gytjyb
2010-08-31
2010-09-03 16:27:45
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】could not find angle parameter
(0/843)
zhulijuan001
2010-08-31
2010-08-31 17:11:41
by
zhulijuan001
[
Gromacs
]
【求助】怎么把VMD的MD结果做成动画形式
(1/1636)
dpwei
2010-08-28
2010-08-28 12:36:10
by
bay__gulf
[
Gromacs
]
【求助】怎样限定两个原子之间的距离
(1/1009)
patent
2010-08-18
2010-08-20 21:36:28
by
红枫叶688
[
Gromacs
]
【求助】prodrug生成的小分子的itp参数文件中为什么没有非健参数
(2/374)
donglh
2010-08-19
2010-08-20 16:27:58
by
donglh
[
Gromacs
]
【求助】ubuntu10.04 装不上xleap
(0/1012)
z5476t4508
2010-08-17
2010-08-17 15:40:16
by
z5476t4508
[
Gromacs
]
【求助】大家帮忙看看是否达到了平衡了
(0/493)
gytjyb
2010-08-16
2010-08-16 11:12:13
by
gytjyb
[
Gromacs
]
【求助】水的扩散系数计算
(0/3228)
maad
2010-08-10
2010-08-10 14:24:25
by
maad
[
Gromacs
]
【求助】NAMD安装问题
(0/372)
我为量化狂
2010-08-09
2010-08-09 19:59:54
by
我为量化狂
[
Gromacs
]
【求助】有没有dna库啊?
(
1
2
)
(12/1363)
574384607
2010-07-13
2010-08-07 10:21:08
by
zhuhongaaa
[
Gromacs
]
【求助】请教pgn文件的问题
(0/338)
astringent
2010-08-07
2010-08-07 03:39:43
by
astringent
[
Gromacs
]
【求助】生成一定碱基数dna,用那个软件
(1/566)
574384607
2010-08-04
2010-08-04 17:06:25
by
52841503
[
Gromacs
]
【求助】出错了!!!!
(1/237)
memgr
2010-08-03
2010-08-03 20:55:33
by
52841503
[
Gromacs
]
【求助】add solvent box问题
(2/350)
574384607
2010-08-01
2010-08-02 11:02:57
by
574384607
[
Gromacs
]
【求助】出错了!!!!
(2/1011)
memgr
2010-08-01
2010-08-01 16:19:32
by
memgr
[
Gromacs
]
【讨论】想做有机溶剂分子模型!
(3/789)
gxsulong
2010-07-29
2010-07-31 13:06:05
by
qasd
[
Gromacs
]
【求助】tinker
(3/860)
lan626
2010-06-22
2010-07-30 23:54:26
by
truewz
[
Gromacs
]
【求助】金属离子-力常数的计算
(金币≥5)
(2/62)
ope123456789
2010-07-24
2010-07-30 16:52:40
by
superdirac
[
Gromacs
]
【求助】amber中计算结合自由能时可以并行运算吗
(7/1006)
gjj09
2010-06-17
2010-07-29 20:17:58
by
lan626
[
Gromacs
]
【求助】请问怎么可以分析残基与残基之间的相互作用
(2/962)
vallen
2010-07-06
2010-07-29 16:17:22
by
Eroica3139
[
Gromacs
]
【求助】ptraj能计算两个苯平面间的角度吗
(2/733)
Eroica3139
2010-07-26
2010-07-29 16:14:00
by
Eroica3139
[
Gromacs
]
【求助】计算结构大小
(1/507)
memgr
2010-07-21
2010-07-28 17:07:52
by
itismineok
[
Gromacs
]
【求助】Amber中蛋白质最小化
(2/575)
夏天的鱼
2010-07-21
2010-07-27 22:01:49
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】vmd生成psf文件问题
(1/786)
zjm022243
2010-07-26
2010-07-27 09:39:01
by
zjm022243
[
Gromacs
]
【求助】amber出错
(3/448)
夏天的鱼
2010-07-22
2010-07-27 08:20:58
by
夏天的鱼
[
Gromacs
]
【求助】急需
(0/197)
memgr
2010-07-26
2010-07-26 15:11:33
by
memgr
[
Gromacs
]
【求助】mm_pbsa计算
(3/1098)
z6242948
2009-09-26
2010-07-26 14:12:37
by
Eroica3139
[
Gromacs
]
【求助】MMPBSA/GBSA
(4/1849)
tingjun
2010-06-22
2010-07-26 14:05:47
by
Eroica3139
[
Gromacs
]
【求助】请问Amber是不是不能做含金属的体系
(2/402)
ter20
2010-07-22
2010-07-25 21:01:16
by
ter20
[
Gromacs
]
【求助】使用AFM时,在x方向可以拉动,但在z方向却不行!
(1/394)
zzhwise
2010-05-12
2010-07-22 13:03:35
by
fangxingbaixue
[
Gromacs
]
【求助】NAMD中压强所产生力的方向?
(1/552)
jianchaoyv
2010-07-14
2010-07-14 21:06:51
by
wally8962
[
Gromacs
]
【求助】PDB文件的处理
(
1
2
)
(13/3018)
licaiqin
2010-04-26
2010-07-08 11:12:50
by
ope123456789
[
Gromacs
]
【求助】amber跑MD时如何限定两个原子之间距离
(2/1182)
futing1229
2010-07-06
2010-07-07 16:37:50
by
sinokang
[
Gromacs
]
【求助】请问这个模型用NAMD怎么画
(6/927)
zjm022243
2010-07-05
2010-07-06 21:40:54
by
zyj8119
[
Gromacs
]
【求助】vmd spc 水
(1/575)
574384607
2010-07-01
2010-07-06 16:28:53
by
574384607
[
Gromacs
]
【求助】结果分析
(5/863)
licaiqin
2010-04-06
2010-07-05 15:00:32
by
licaiqin
[
Gromacs
]
[关贴]
【求助】amber11分享
(7/683)
linxi1454
2010-05-28
2010-07-05 09:27:17
by
linxi1454
[
Gromacs
]
【求助】有关gromacs得两个问题
(
1
2
)
(10/1606)
zh1987hs
2010-06-19
2010-07-04 13:28:36
by
zh1987hs
[
Gromacs
]
【求助】ptraj进行氢键分析时出现error
(3/705)
z6242948
2009-09-21
2010-07-02 18:15:23
by
zhuzhilin
[
Gromacs
]
【求助】打扰各位前辈了
(1/360)
ff860102
2010-07-01
2010-07-01 15:49:06
by
sinokang
[
Gromacs
]
【求助】轨迹文件格式转化问题
(3/1629)
baoer3808
2010-06-24
2010-07-01 13:50:08
by
clark_zhy
[
Gromacs
]
【求助】在AMBER中,如何得到药物和酶之间相互作用的势能的数据
(2/575)
vallen
2010-06-28
2010-07-01 13:15:11
by
clark_zhy
[
Gromacs
]
【求助】只是优化后文件,没有restart文件,能继续跑吗
(
1
2
3
)
(22/2394)
574384607
2010-06-21
2010-07-01 08:50:51
by
574384607
[
Gromacs
]
【求助】如何在Suse linux 下装Amber 10
(0/298)
sunnybomb
2010-06-30
2010-06-30 11:20:38
by
sunnybomb
[
Gromacs
]
【分享】分子模拟中的力场选择
(12/607)
leejie666
2009-07-04
2010-06-30 09:37:58
by
navycheer
[
Gromacs
]
【讨论】关于不同z值处的水能形成氢键数的脚本讨论
(评阅+2)
(4/1658)
jianchaoyv
2010-06-29
2010-06-29 15:05:34
by
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