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memgr

铜虫 (正式写手)

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专业: 理论和计算化学

[交流] 【求助】计算结构大小已有1人参与

我想问一下怎么用gromacs分析聚集结构的大小，也就是如果我想用gromacs算一下我的表面活性剂聚集后每一簇所含的单体数目，这样的话怎么办呢

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1楼 2010-07-21 16:13:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

itismineok

捐助贵宾 (正式写手)

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性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

★ ★ ★
雪狼乖乖(金币+3):谢谢希望能完整化 2010-07-28 21:08:00

解决这个问题分两步：
1. 首先使用top2psf.pl将gromacs的 .top file（或者） .tpr file转换成.psf文件

详细见http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/VMD

2. 然后将gromacs的.trr File(或者.trj File)和转换成的.psf文件输入到VMD中

编写tcl文件分析，举个例子：
set psf your.psf
set dcd your.dcd

mol load psf $psf dcd $dcd

set outfile [open cluster.dat w];

set nf [molinfo top get numframes]

# Select cluster.
#set sel [atomselect top "resname polar"]
# polar 表面活性剂的残基名

for {set i 1 } {$i < $nf } { incr i } {

# Select cluster number.
set cluster [atomselect top "resname polar and name only" frame $i]

set crd [$cluster get {x y z}]

#set clusters {}{}

foreach a $crd b $crd {
set diffr [veclength [vecsub $a $b]]

         #在这里根据表面活性剂分子之间的距离，生成clusters

}

   puts $outfile "$clusters"

   #set cluster_num {}
foreach a $clusters {
   #在这里统计每个cluster中分子的数量,

}

   puts $outfile "$cluster_num"

}

close $outfile

mol delete top

[ Last edited by itismineok on 2010-7-29 at 09:17 ]

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