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【求助】计算结构大小已有1人参与
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| 我想问一下怎么用gromacs分析聚集结构的大小，也就是如果我想用gromacs算一下我的表面活性剂聚集后每一簇所含的单体数目，这样的话怎么办呢 |
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itismineok
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雪狼乖乖(金币+3):谢谢 希望能完整化 2010-07-28 21:08:00
雪狼乖乖(金币+3):谢谢 希望能完整化 2010-07-28 21:08:00
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解决这个问题分两步： 1. 首先使用top2psf.pl将gromacs的 .top file（或者） .tpr file转换成.psf文件 详细见http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/VMD 2. 然后将gromacs的.trr File(或者.trj File)和转换成的.psf文件输入到VMD中 编写tcl文件分析，举个例子： set psf your.psf set dcd your.dcd mol load psf $psf dcd $dcd set outfile [open cluster.dat w]; set nf [molinfo top get numframes] # Select cluster. #set sel [atomselect top "resname polar"] # polar 表面活性剂的残基名 for {set i 1 } {$i < $nf } { incr i } { # Select cluster number. set cluster [atomselect top "resname polar and name only" frame $i] set crd [$cluster get {x y z}] #set clusters {}{} foreach a $crd b $crd { set diffr [veclength [vecsub $a $b]] #在这里根据表面活性剂分子之间的距离，生成clusters } puts $outfile "$clusters" #set cluster_num {} foreach a $clusters { #在这里统计每个cluster中分子的数量, } puts $outfile "$cluster_num" } close $outfile mol delete top [ Last edited by itismineok on 2010-7-29 at 09:17 ] |
2楼2010-07-28 17:07:52