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【求助】水的扩散系数计算
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用MD模拟基底的一到两层水层,想要计算其中的水的扩散系数。看到文献中方法一般都是计算体系的均方位移(Mean square displacement MSD),然后根据Einstein关系求得扩散系数。但是一些细节的处理摸了半天还是没弄明白,比如计算均方位移时,是不是要将每一个水分子在不同的时间间隔delta t时间内的均方位移求出来,然后取平均。最后得到是这个平均均方位移与时间间隔delta t(比如从1ps到100ps)的一个近似线性的曲线,它的斜率即为扩散系数? 由于是第一次接触这个公式,描述的可能有点不清楚。希望算过的大侠帮忙指导一下,如果有代码段,可否借我参考一下,谢啦。 |
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