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maad木虫 (小有名气)
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【求助】水的扩散系数计算
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用MD模拟基底的一到两层水层，想要计算其中的水的扩散系数。看到文献中方法一般都是计算体系的均方位移（Mean square displacement ＭＳＤ），然后根据Einstein关系求得扩散系数。但是一些细节的处理摸了半天还是没弄明白，比如计算均方位移时，是不是要将每一个水分子在不同的时间间隔delta t时间内的均方位移求出来，然后取平均。最后得到是这个平均均方位移与时间间隔delta t（比如从1ps到100ps）的一个近似线性的曲线，它的斜率即为扩散系数？ 由于是第一次接触这个公式，描述的可能有点不清楚。希望算过的大侠帮忙指导一下，如果有代码段，可否借我参考一下，谢啦。 |
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