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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问这个模型用NAMD怎么画
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zjm022243

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问这个模型用NAMD怎么画 已有4人参与

请问像这样的模型用NAMD或者Hyperchem能画么？有高手能给出个做这种模型的说明或者链接么？
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1楼 2010-07-05 21:36:17
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zjm022243

金虫 (正式写手)
有高手知道怎么做么，用hyperchem的分子叠加能做出这种画么
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2楼2010-07-06 09:28:16
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-06 18:07:00
zjm022243(金币+2):谢谢，能提供下编这类脚本程序的使用手册么，谢谢了 2010-07-06 18:46:19
namd编脚本程序可以做。
还是比较简单的，无非就是坐标的平移旋转。
hyperchem画？难道还可以用hyperchem算这么大的东西？
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3楼2010-07-06 17:50:27
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-07-06 18:06:53
zjm022243(金币+1):谢谢了 2010-07-06 18:46:34
下图是packmol做的，跟lz的有点类似，不知是否符合要求
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4楼2010-07-06 18:04:29
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zjm022243

金虫 (正式写手)
对的，要的大概就是楼上的这种效果。请问楼上用的是什么软件，要编程么
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5楼2010-07-06 19:12:01
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
zjm022243(金币+2):非常非常感谢！ 2010-07-06 19:22:40
zjm022243(金币+5):谢谢 2010-07-06 19:23:45
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-07 10:24:12
tcl脚本语言，你google一下，可以看到简单教程。都不一定需要看，可以用来查一些函数

vmd tutorial里面有一些例子，看看就会了

我讲两个你会用到的核心命令

$mol move [trans z 10] #分子坐标绕Z轴旋转10度
$mol moveby {0 0 5}    #沿Z轴平移5埃
$mol writepdb a1.pdb     #保存一组坐标

用上一些循环，就可以保存下一大堆分子坐标，然后再把它们合并，ok
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6楼2010-07-06 19:19:07
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个得顶。。。。。
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好好学习，天天向上。
7楼2010-07-06 21:40:54
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