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lan626

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】tinker 已有3人参与

求助高手,我最近在学习模拟软件tinker,请问tinker有什么基本的功能?怎么计算自由能?我看到大多数人都在用gromacs,gromacs和tinker那个更好用,对于初学者来说。谢谢
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lan626

银虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by lan626 at 2010-06-22 10:33:52:
求助高手,我最近在学习模拟软件tinker,请问tinker有什么基本的功能?怎么计算自由能?我看到大多数人都在用gromacs,gromacs和tinker那个更好用,对于初学者来说。谢谢

请高手指教呀,谢谢
选择了后悔就不要后悔选择......
2楼2010-07-30 08:26:23
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cnlics

木虫 (小有名气)

★ ★
lan626(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-30 09:24:14
那Tinker包里有那么多种工具,你问基本功能,这个,这个,怎么说呢?要问的是,你要的什么功能它没有呢?

那么多人在用gromacs,是因为gromacs作者来中国科学院搞讲座了,要是tinker作者也来了,那么tinker也流行了。

坚持自己的判断吧。
3楼2010-07-30 08:46:14
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truewz

至尊木虫 (文坛精英)

★
lan626(金币+1):谢谢参与
TINKER包含多种算法:较通常方法快的新型距离-结构度量化方法,Elber的反应路径方法,用于全局优化的几种势能曲面平滑和寻找(PSS)方法,高效的势能曲面扫描程序,基于原子多极的静电偶极极化率,用几种不同的广义Born (GB/SA)模型进行连续的溶剂处理,高效简化的Newton (TNCG)定位优化程序,表面面积和体积,简单的自由能微扰工具,简正模式分析,直角坐标最小值,扭转或刚体空间,速率Verlet随机动力学,改善的球面能量截断方法,用于部分电荷的粒子网格Ewald总和,用于极化多极矩的常规Ewald总和,最新的长程静电反应场处理方法,模拟退火,构像寻找,MD的Andersen随机碰撞恒温,等等。
扫地虫
4楼2010-07-30 23:54:26
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