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lan626银虫 (正式写手)
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【求助】tinker已有3人参与
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| 求助高手，我最近在学习模拟软件tinker，请问tinker有什么基本的功能？怎么计算自由能？我看到大多数人都在用gromacs，gromacs和tinker那个更好用，对于初学者来说。谢谢 |
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truewz
至尊木虫 (文坛精英)
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lan626(金币+1):谢谢参与
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| TINKER包含多种算法：较通常方法快的新型距离-结构度量化方法，Elber的反应路径方法，用于全局优化的几种势能曲面平滑和寻找(PSS)方法，高效的势能曲面扫描程序，基于原子多极的静电偶极极化率，用几种不同的广义Born (GB/SA)模型进行连续的溶剂处理，高效简化的Newton (TNCG)定位优化程序，表面面积和体积，简单的自由能微扰工具，简正模式分析，直角坐标最小值，扭转或刚体空间，速率Verlet随机动力学，改善的球面能量截断方法，用于部分电荷的粒子网格Ewald总和，用于极化多极矩的常规Ewald总和，最新的长程静电反应场处理方法，模拟退火，构像寻找，MD的Andersen随机碰撞恒温，等等。 |
4楼2010-07-30 23:54:26