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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD进行恒温压缩的过程中，原子速度过大，怎么解决？
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yylww

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 【求助】NAMD进行恒温压缩的过程中，原子速度过大，怎么解决？

请问，在进行恒温压缩的过程中，由于原子速度过大而无法进行压缩的情况，怎么解决这个问题呢？ 通过减少原子的数目这些都不行。

ERROR: Atom 32833 velocity is 1.53393e+006 9.6171e+006 -1.24048e+006 (limit is 12000)
ERROR: Atom 32869 velocity is -862137 -160590 -1.08782e+006 (limit is 12000)
ERROR: Atom 32887 velocity is 3697.81 13841.1 7305.32 (limit is 12000)
ERROR: Atom 32888 velocity is -7854.45 15767.2 -2453.33 (limit is 12000)
ERROR: Atoms moving too fast; simulation has become unstable.
ERROR: Atom 30757 velocity is 5.07685e+007 479918 -1.66144e+007 (limit is 12000)
ERROR: Atom 31470 velocity is 1.51503e+007 411299 -7.33521e+006 (limit is 12000)
ERROR: Atom 31579 velocity is -3254.53 -14790.6 -7047.76 (limit is 12000)
ERROR: Atoms moving too fast; simulation has become unstable.
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1楼 2010-09-05 08:52:24
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yylww

至尊木虫 (知名作家)
给点建议吧 谢谢
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2楼2010-09-05 16:30:27
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manutdhk

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-09-05 20:06:59
yylww(金币+5):谢谢，已经设置为1fs了。结果还是不行 2010-09-06 08:28:43
原则上，速度是与温度正相关的，没有办法强行减低速度吧？！

试一下将步长时间改小一点，就能控制原子位移。

一般来说，原子振动的频率在 10THz左右，所以MD的步长一般是 以飞秒为单位的。

我是自由编程者，所列之意见乃我经验之谈，仅有参考价值。
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3楼2010-09-05 19:11:12
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