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lyl163com

金虫 (正式写手)

[求助] 用TOPOS分析拓扑时三连接配体的如何设置为中心原子

用TOPOS分析拓扑时三连接配体的如何简化为中心原子,即怎么选择,怎么简化?先谢过各大侠了!
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乐此不疲

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
huangjr: 金币+1, 感谢应助~ 2012-05-23 12:30:51
首先做AutoCN 用算检查你所要的原子的配位数(图1中的 CN )是否是你要的
再双击化合物名字,跳出Crystal data 窗口 选择Adjacency Matrix(如图二)
在这个窗口中点击中心原子前面的的加号,下面显示的就是软件计算的与你原子配位的原子,检查好。如果有原子没与中心原子参与配位,那么把它选中,右击鼠标,在change type里选择No Bond。(建议把氢原子删除)改好之后然后点保存。
这个时候你回去做ADS计算,这个中心原子的简化就是对的。

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2楼2012-05-22 23:00:24
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乐此不疲

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lyl163com: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-05-25 18:33:49
先用shelx软件在配体中间插入原子,与其他原子相连,删除多余原子。保存,做一次XL运算。这个时候的CIF文件就是简化后的配体了,具体看看给你传的这个附件。

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  • 附件 1 : TOPOS4.0检查MOF拓扑简易操作流程.pdf
  • 2012-05-22 23:09:02, 992.98 K
3楼2012-05-22 23:12:00
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lyl163com

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 乐此不疲 at 2012-05-22 23:12:00
先用shelx软件在配体中间插入原子,与其他原子相连,删除多余原子。保存,做一次XL运算。这个时候的CIF文件就是简化后的配体了,具体看看给你传的这个附件。

这样用shelx在配体中间插入原子呢?谢谢
4楼2012-05-28 08:15:19
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ys851216

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lyl163com at 2012-05-28 08:15:19
这样用shelx在配体中间插入原子呢?谢谢...

我的经验是使用画图工具(如diamond)在所需位置插入假原子,然后保存为cif格式,这样比在shelx中进行操作要简单很多,不过这样重新生成的cif无法直接打开,不管他,导入topos就可以了

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

人生为棋,我愿为卒,虽然移动缓慢,但谁曾见我后退。
5楼2012-05-28 08:58:50
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lyl163com

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ys851216 at 2012-05-28 08:58:50
我的经验是使用画图工具(如diamond)在所需位置插入假原子,然后保存为cif格式,这样比在shelx中进行操作要简单很多,不过这样重新生成的cif无法直接打开,不管他,导入topos就可以了...

多谢兄台指点!
6楼2012-05-28 17:23:52
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bjcrystal

铜虫 (小有名气)

7楼2013-03-04 09:53:07
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心蕊rxr

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lyl163com at 2012-05-28 17:23:52
多谢兄台指点!...

请问如何将其导入 topos 呢?
8楼2013-11-06 18:32:19
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Little-优优

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 乐此不疲 at 2012-05-22 23:00:24
首先做AutoCN 用算检查你所要的原子的配位数(图1中的 CN )是否是你要的
再双击化合物名字,跳出Crystal data 窗口 选择Adjacency Matrix(如图二)
在这个窗口中点击中心原子前面的的加号,下面显示的就是软件计算 ...

正在学习,谢谢!
自己选的路,跪着也要把它走完
9楼2013-11-13 09:49:23
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感谢分享
10楼2014-01-17 14:42:31
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