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lyl163com

金虫 (正式写手)

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[求助] 用TOPOS分析拓扑时三连接配体的如何设置为中心原子

用TOPOS分析拓扑时三连接配体的如何简化为中心原子，即怎么选择，怎么简化？先谢过各大侠了！

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1楼 2012-05-20 10:56:29

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乐此不疲

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lyl163com: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-05-25 18:33:49

先用shelx软件在配体中间插入原子，与其他原子相连，删除多余原子。保存，做一次XL运算。这个时候的CIF文件就是简化后的配体了，具体看看给你传的这个附件。

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附件 1 : TOPOS4.0检查MOF拓扑简易操作流程.pdf

2012-05-22 23:09:02, 992.98 K

3楼2012-05-22 23:12:00

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乐此不疲

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
huangjr: 金币+1, 感谢应助~ 2012-05-23 12:30:51

首先做AutoCN 用算检查你所要的原子的配位数（图1中的 CN ）是否是你要的
再双击化合物名字，跳出Crystal data 窗口选择Adjacency Matrix(如图二)
在这个窗口中点击中心原子前面的的加号，下面显示的就是软件计算的与你原子配位的原子，检查好。如果有原子没与中心原子参与配位，那么把它选中，右击鼠标，在change type里选择No Bond。（建议把氢原子删除）改好之后然后点保存。
这个时候你回去做ADS计算，这个中心原子的简化就是对的。

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2楼2012-05-22 23:00:24

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