24小时热门版块排行榜    

查看: 619  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yylww

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 【求助】NAMD进行恒温压缩的过程中,原子速度过大,怎么解决?

请问,在进行恒温压缩的过程中,由于原子速度过大而无法进行压缩的情况,怎么解决这个问题呢? 通过减少原子的数目这些都不行。

ERROR: Atom 32833 velocity is 1.53393e+006 9.6171e+006 -1.24048e+006 (limit is 12000)
ERROR: Atom 32869 velocity is -862137 -160590 -1.08782e+006 (limit is 12000)
ERROR: Atom 32887 velocity is 3697.81 13841.1 7305.32 (limit is 12000)
ERROR: Atom 32888 velocity is -7854.45 15767.2 -2453.33 (limit is 12000)
ERROR: Atoms moving too fast; simulation has become unstable.
ERROR: Atom 30757 velocity is 5.07685e+007 479918 -1.66144e+007 (limit is 12000)
ERROR: Atom 31470 velocity is 1.51503e+007 411299 -7.33521e+006 (limit is 12000)
ERROR: Atom 31579 velocity is -3254.53 -14790.6 -7047.76 (limit is 12000)
ERROR: Atoms moving too fast; simulation has become unstable.
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manutdhk

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-09-05 20:06:59
yylww(金币+5):谢谢,已经设置为1fs了。结果还是不行 2010-09-06 08:28:43
原则上,速度是与温度正相关的,没有办法强行减低速度吧?!

试一下将步长时间改小一点,就能控制原子位移。

一般来说,原子振动的频率在 10THz左右,所以MD的步长一般是 以飞秒为单位的。

我是自由编程者,所列之意见乃我经验之谈,仅有参考价值。
3楼2010-09-05 19:11:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 08:33 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:28 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:17 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 06:57 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 06:35 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 06:02 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 05:51 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 13/650 2026-08-30 05:38 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:45 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 00:52 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +4 349506619 2026-08-28 4/200 2026-08-29 22:41 by alongwaytogo
[基金申请] 国社科申报系统有变化 +3 kynobel 2026-08-23 3/150 2026-08-29 21:57 by 余韵清
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
信息提示
请填处理意见