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【求助】动力学能量优化的问题！
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有几个问题始终困扰着我：求助大家！ 比如在开始动力学的时候，为了防止不合理的能量碰撞，常需要进行能量最小化。 1 我经常看到有人要做两部能量最小化的，一步限制蛋白，先做水和离子的能量最小化。 另一次放开，做全部的能量最小。为什么要这样做，我看到大家都只做了一次能量最小化， 而且有时候这一次能量最小还是放开的能量最小化，有时候是不放开有限制的能量最小化。 这里面到底有什么巧，我该怎么做出选择？ 2 是否是你做的蛋白如果是晶体结构中来的，为了保持蛋白结构的稳定，做一次带限制的能量最小化就行了。 3 如果要像这样做两次的能量最小，第一次还是带限制的能量最小化，那么我怎么样在一个配置文件里面写。 4 什么时候要做一次，什么时候做两次，这时候需不需要限制，这是否和取自蛋白的PDB晶体结构模拟有什么关系？ |
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