应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于小分子的结构问题
71/1返回列表
查看: 1458  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

科研探索者

[求助] 关于小分子的结构问题

目前我做的是一个含铂的小分子与核酸相互作用的动力学模拟，我将小分子与DNA复合物进行能量最优化后，发现小分子中与铂相连的原子全部断开了，甚至有的都跑掉了，以至于下面的模拟过程也进行不下去，我想请问各位师兄师姐，为啥会出现这种情况？一般是哪些因素导致的？然后应该如何解决这个问题呢？ 谢谢了~~~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
不谋万世者不足谋一时，不谋全局者不足谋一域
1楼 2011-07-08 15:48:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuzhilin05

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-07-09 22:44:00
先看看你的铂原子是与哪些氨基酸残基作用，然后再把这些氨基酸的参数改过来就行了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-09 22:42:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

科研探索者
引用回帖:
Originally posted by zhuzhilin05 at 2011-07-09 22:42:03:
先看看你的铂原子是与哪些氨基酸残基作用，然后再把这些氨基酸的参数改过来就行了。

师兄，我的是药物小分子内部的与Pt相连的键断开了，不知道啥原因啊？我也在考虑是不是力场参数有问题~~~
赞一下 回复此楼
不谋万世者不足谋一时，不谋全局者不足谋一域
3楼2011-07-11 10:49:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-11 20:27:18
你的Pt与小分子是成键作用？如果是的话，是否没写成键信息(在top中)
如果是非键相互作用，*nonbond*.itp中的sigm和eps值是否不是0（或者太小）
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-07-11 19:14:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuzhilin05

金虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-07-11 20:27:27
就是楼上说的，你把承建的参数加上就可以了。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-07-11 20:12:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

科研探索者
引用回帖:
Originally posted by dubo at 2011-07-11 19:14:36:
你的Pt与小分子是成键作用？如果是的话，是否没写成键信息(在top中)
如果是非键相互作用，*nonbond*.itp中的sigm和eps值是否不是0（或者太小）

嗯，我做的是含铂的药物小分子，现在遇到的问题就是药物分子与DNA形成的复合物在用Amber能量最优化后，铂与它四周跟它相连的原子(药物分子内)之间的键断开了，然后也跑掉了。Pt与这些原子应该是成键作用，师兄我想问下在top文件中怎么添加成键信息啊？
赞一下 回复此楼
不谋万世者不足谋一时，不谋全局者不足谋一域
6楼2011-07-12 09:42:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-07-12 17:16:32
引用回帖:
Originally posted by ww5945 at 2011-07-12 09:42:36:
嗯，我做的是含铂的药物小分子，现在遇到的问题就是药物分子与DNA形成的复合物在用Amber能量最优化后，铂与它四周跟它相连的原子(药物分子内)之间的键断开了，然后也跑掉了。Pt与这些原子应该是成键作用，师兄 ...

我说的GROMACS的文件，Amber我没用过，不过文件内容大体都类似，你可以浏览一下，想这个为二面角的力场文件http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 0b94ca7a894756.html
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-07-12 11:11:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ww5945 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +14 陌の森林 2026-03-18 14/700 2026-03-19 22:38 by 学员8dgXkO
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:42 by peike
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 +3 Ncdx123456 2026-03-19 3/150 2026-03-19 13:18 by houyaoxu
[考研] 346求调剂[0856] +3 WayneLim327 2026-03-16 6/300 2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 一志愿天大材料与化工（085600）总分338 +5 蔡大美女 2026-03-13 5/250 2026-03-19 10:44 by 是小刘呀～
[考研] 本科郑州大学物理学院，一志愿华科070200学硕，346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 311求调剂 +4 冬十三 2026-03-18 4/200 2026-03-18 21:47 by 尽舜尧1
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭