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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于小分子的结构问题
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ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

科研探索者

[求助] 关于小分子的结构问题

目前我做的是一个含铂的小分子与核酸相互作用的动力学模拟，我将小分子与DNA复合物进行能量最优化后，发现小分子中与铂相连的原子全部断开了，甚至有的都跑掉了，以至于下面的模拟过程也进行不下去，我想请问各位师兄师姐，为啥会出现这种情况？一般是哪些因素导致的？然后应该如何解决这个问题呢？ 谢谢了~~~
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1楼 2011-07-08 15:48:38
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zhuzhilin05

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-07-09 22:44:00
先看看你的铂原子是与哪些氨基酸残基作用，然后再把这些氨基酸的参数改过来就行了。
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2楼2011-07-09 22:42:03
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ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

科研探索者
引用回帖:
Originally posted by zhuzhilin05 at 2011-07-09 22:42:03:
先看看你的铂原子是与哪些氨基酸残基作用，然后再把这些氨基酸的参数改过来就行了。

师兄，我的是药物小分子内部的与Pt相连的键断开了，不知道啥原因啊？我也在考虑是不是力场参数有问题~~~
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不谋万世者不足谋一时，不谋全局者不足谋一域
3楼2011-07-11 10:49:38
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-11 20:27:18
你的Pt与小分子是成键作用？如果是的话，是否没写成键信息(在top中)
如果是非键相互作用，*nonbond*.itp中的sigm和eps值是否不是0（或者太小）
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4楼2011-07-11 19:14:36
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zhuzhilin05

金虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-07-11 20:27:27
就是楼上说的，你把承建的参数加上就可以了。
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5楼2011-07-11 20:12:06
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ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

科研探索者
引用回帖:
Originally posted by dubo at 2011-07-11 19:14:36:
你的Pt与小分子是成键作用？如果是的话，是否没写成键信息(在top中)
如果是非键相互作用，*nonbond*.itp中的sigm和eps值是否不是0（或者太小）

嗯，我做的是含铂的药物小分子，现在遇到的问题就是药物分子与DNA形成的复合物在用Amber能量最优化后，铂与它四周跟它相连的原子(药物分子内)之间的键断开了，然后也跑掉了。Pt与这些原子应该是成键作用，师兄我想问下在top文件中怎么添加成键信息啊？
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不谋万世者不足谋一时，不谋全局者不足谋一域
6楼2011-07-12 09:42:36
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-07-12 17:16:32
引用回帖:
Originally posted by ww5945 at 2011-07-12 09:42:36:
嗯，我做的是含铂的药物小分子，现在遇到的问题就是药物分子与DNA形成的复合物在用Amber能量最优化后，铂与它四周跟它相连的原子(药物分子内)之间的键断开了，然后也跑掉了。Pt与这些原子应该是成键作用，师兄 ...

我说的GROMACS的文件，Amber我没用过，不过文件内容大体都类似，你可以浏览一下，想这个为二面角的力场文件http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 0b94ca7a894756.html
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7楼2011-07-12 11:11:36
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