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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp表面和吸附分子的结构分别优化后，如何将它们放到一起
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dingniu2

木虫 (正式写手)

[求助] vasp表面和吸附分子的结构分别优化后，如何将它们放到一起

如题，做表面吸附，请问分别优化了金属表面，和所选的吸附气体，如何将两者放到一起形成吸附初始构型？MS,VESTA,P4VASP哪个能做，如何做方便？
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健康最重要
1楼 2013-06-11 21:52:01
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

DFPT

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dingniu2: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2013-06-12 09:28:55
最简单的是用MS来做，分别导入连个模型，然后把气体的模型复制粘贴到金属表面模型中，然后选中气体模型的部分并且移动到金属模型的表面需要计算的位置。最后在把做好的模型导出到POSCAR，就可以在VASP中计算了。
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dingniu2
010-8393-9164
2楼2013-06-11 23:26:42
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
感谢参与，应助指数 +1
dingniu2: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-06-12 09:29:08
本帖仅楼主可见
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3楼2013-06-11 23:39:40
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天棚元帅

木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 零下1℃ at 2014-04-24 08:21:51
那我可不可以理解为：X.Y不变，Z方向上增大到介于成键与不成键之间的距离进行优化呢？谢谢...

可以，有经验的话，按照合理的键长值来设定，这样优化的会快些
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A man gets what he earns when he earns it.
11楼2014-04-25 22:59:03
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普通回帖

天棚元帅

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
dingniu2: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-06-12 09:29:16
同意三楼的，复杂点的用MS吧，简单的直接在POSCAR里修改就行~~
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A man gets what he earns when he earns it.
4楼2013-06-12 06:12:11
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dingniu2

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by DFPT at 2013-06-11 23:26:42
最简单的是用MS来做，分别导入连个模型，然后把气体的模型复制粘贴到金属表面模型中，然后选中气体模型的部分并且移动到金属模型的表面需要计算的位置。最后在把做好的模型导出到POSCAR，就可以在VASP中计算了。

请问，具体操作是否为POSCAR1----VESTA导出cif1，POSCAR2----VESTA导出cif2.
，，ms导入cif1和cif2进行操作。
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健康最重要
5楼2013-06-12 09:28:38
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DFPT

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dingniu2 at 2013-06-12 09:28:38
请问，具体操作是否为POSCAR1----VESTA导出cif1，POSCAR2----VESTA导出cif2.
，，ms导入cif1和cif2进行操作。...

这样当然可以。怎么操作都无所谓的，哪怕自己手动输入位置都没关系～
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010-8393-9164
6楼2013-06-12 09:58:53
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oupengfei717

金虫 (小有名气)
我也想跟楼主讨论下，比如现在要做矿物表面吸附小分子药剂关于浮选方面的问题，用VASP能否实施计算呢？如果可以的话，具体应该如何进行？谢谢。
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7楼2013-06-12 12:28:57
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零下1℃

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 天棚元帅 at 2013-06-12 06:12:11
同意三楼的，复杂点的用MS吧，简单的直接在POSCAR里修改就行~~

能不能请教一下，怎样在POSCAR文件里面做到简单修改，比如我想在金属表面吸附一个小原子，我已经知道了金属原子的坐标位置，然后怎样确定吸附原子的呢？谢谢
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8楼2014-04-23 10:24:14
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天棚元帅

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 零下1℃ at 2014-04-23 10:24:14
能不能请教一下，怎样在POSCAR文件里面做到简单修改，比如我想在金属表面吸附一个小原子，我已经知道了金属原子的坐标位置，然后怎样确定吸附原子的呢？谢谢...

一个原子的添加很简单，比如atop位，直接复制黏贴一个表面金属原子的xyz坐标，再稍微调大些z值就行了
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A man gets what he earns when he earns it.
9楼2014-04-24 04:53:50
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零下1℃

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 天棚元帅 at 2014-04-24 04:53:50
一个原子的添加很简单，比如atop位，直接复制黏贴一个表面金属原子的xyz坐标，再稍微调大些z值就行了...

那我可不可以理解为：X.Y不变，Z方向上增大到介于成键与不成键之间的距离进行优化呢？谢谢
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10楼2014-04-24 08:21:51
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