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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp表面和吸附分子的结构分别优化后，如何将它们放到一起
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dingniu2

木虫 (正式写手)

[求助] vasp表面和吸附分子的结构分别优化后，如何将它们放到一起

如题，做表面吸附，请问分别优化了金属表面，和所选的吸附气体，如何将两者放到一起形成吸附初始构型？MS,VESTA,P4VASP哪个能做，如何做方便？
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1楼 2013-06-11 21:52:01
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零下1℃

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 天棚元帅 at 2014-04-24 04:53:50
一个原子的添加很简单，比如atop位，直接复制黏贴一个表面金属原子的xyz坐标，再稍微调大些z值就行了...

那我可不可以理解为：X.Y不变，Z方向上增大到介于成键与不成键之间的距离进行优化呢？谢谢
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10楼2014-04-24 08:21:51
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DFPT

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dingniu2: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2013-06-12 09:28:55
最简单的是用MS来做，分别导入连个模型，然后把气体的模型复制粘贴到金属表面模型中，然后选中气体模型的部分并且移动到金属模型的表面需要计算的位置。最后在把做好的模型导出到POSCAR，就可以在VASP中计算了。
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dingniu2
010-8393-9164
2楼2013-06-11 23:26:42
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
感谢参与，应助指数 +1
dingniu2: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-06-12 09:29:08
本帖仅楼主可见
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3楼2013-06-11 23:39:40
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天棚元帅

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
dingniu2: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-06-12 09:29:16
同意三楼的，复杂点的用MS吧，简单的直接在POSCAR里修改就行~~
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A man gets what he earns when he earns it.
4楼2013-06-12 06:12:11
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