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leisy

银虫 (初入文坛)

[求助] vasp结构优化中EDIFF以及KPOINTS设置,以及氢吸附结合能问题!

仁兄义姐好:我想问下:
1   在vasp计算中,INCAR中的EDIFF是精度越高会带来越多计算步骤从而花费更多的计算时间,还是说精度越高,却会使每个离子步优化的更精确,从而减少了离子优化的总步数,会是时间减少?这个究竟是怎么回事?
还有K点设置时,是K点越大越耗费资源,计算时间长;还是K点越大而导致收敛的比较顺利而使计算时间变少?这个究竟哪个是主要的,到底对不同的计算结构该怎样分析使用K点。
2 在计算石墨烯以及硅纳米线表面氢吸附结合能的时候,应该怎样计算?
比如说是直接(不优化)在结构上自动加氢,然后再算总能,使结合后的能量减去前两者,但整个过程前后所有结构全都没有优化。还是另外一种情况:就是先把没有加氢的原结构先优化并算出优化后的能量,然后把氢原子加到已优化好的结构上并计算出总能。最后用这个已优化的总能减去前面原结构(已优化)的能量以及氢原子的能量?请问这两种情况哪种对,若都不对,有其他方式吗?
麻烦给出的答案越详细越好,小弟在此谢过!
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-06-19 10:27:57
1. EDIFF 精度提高了,的确可能减少离子步数,但会增加每个离子步的时间,所以要选择要适中,一般1e-4~1e-6就可以。可以自己找一个体系测试一下。
2. 应该用后一种方法。所有结构都要优化。
3楼2012-06-19 08:52:37
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wangziyan3

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-06-19 10:28:12
leisy: 金币+8 2012-06-19 15:07:22
1 EDIFF太大则结构优化的时候容易弛豫到亚稳态而非稳态,太小则精度不够,因此从计算精确度来说必须适中,一般来说EDIFF越大计算越慢,个人经验。
K点的话一般是越多计算越慢吧,具体用多少K点要测试,保证精度的前提下少点算的快。
2 第二种,但是加氢上去以后总的还得优化,因为你不确定H跟纳米线表面的距离
4楼2012-06-19 10:17:22
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leisy

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fanchen021 at 2012-06-19 08:52:37
1. EDIFF 精度提高了,的确可能减少离子步数,但会增加每个离子步的时间,所以要选择要适中,一般1e-4~1e-6就可以。可以自己找一个体系测试一下。
2. 应该用后一种方法。所有结构都要优化。

有些时候计算感觉前面精度低的时候会有好多电子步,比如在1E0,1E-1,1E-2,但是后面精度高的时候,反而一步或几步就达到了。
7楼2012-06-19 15:06:13
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mousekingadv

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


xueht987: 金币+1, 多谢指教! 2012-06-20 08:32:36
引用回帖:
12楼: Originally posted by leisy at 2012-06-19 20:43:12
好的,谢谢。
我在优化的时候好像两次隔开的优化,后一次不能利用前一次已生成的WAVECAR(用ISTART=1)时,好像只有在一次优化中包含几个数据点优化时,(比如,一个三维结构,改变其某个方向长度相当于压缩或者拉 ...

不需要更改目录,把INCAR、KPOINTS改一下,cp CONTCAR POSCAR再跑一遍就行了。至于WAVECAR的读取,我的个人经验是即使不同体系算出来的WAVECAR都能互相读取,但这没有意义(读取并非当前体系的近收敛WAVECAR,和random初值一样了)

没听说过discrete Flourier transform,听名字像是KPOINT mesh里面用到的东西...DFT通常说的是density function theory
13楼2012-06-19 21:32:34
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普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)

EDIFF不是控制电子部的吗
2楼2012-06-18 16:58:26
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leisy

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wangziyan3 at 2012-06-19 10:17:22
1 EDIFF太大则结构优化的时候容易弛豫到亚稳态而非稳态,太小则精度不够,因此从计算精确度来说必须适中,一般来说EDIFF越大计算越慢,个人经验。
K点的话一般是越多计算越慢吧,具体用多少K点要测试,保证精度的前 ...

EDIFF太大则结构优化的时候容易弛豫到亚稳态而非稳态,这个是为什么?还有,我在计算大型结构或者不好优化的时候,好像精度低了老是花的离子步时间太长,所以我就提高了精度,反而快了些。可是不知道这里面根本决定因素或者规律。
5楼2012-06-19 14:56:29
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leisy

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huangll99 at 2012-06-18 16:58:26
EDIFF不是控制电子部的吗

恩,但是数个电子歩组成一个离子步,然后所有离子步在一起就是一次优化。
6楼2012-06-19 14:59:47
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leisy

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wangziyan3 at 2012-06-19 10:17:22
1 EDIFF太大则结构优化的时候容易弛豫到亚稳态而非稳态,太小则精度不够,因此从计算精确度来说必须适中,一般来说EDIFF越大计算越慢,个人经验。
K点的话一般是越多计算越慢吧,具体用多少K点要测试,保证精度的前 ...

还有,今天读到一篇论文Adsorption of hydrogen on boron-doped graphene:A first-principles prediction,在第二部分computational method说计算All the calculations were performed using the discrete Fourier transform (DFT)method, as implemented in Vienna ab initio simulation package  【VASP 】。是说vasp中有discrete Fourier transform(离散傅里叶变换)这个模块或方法?这个好像在vasp中没听过。不是vasp中只有US-PP和PAW两种发法吗?疑问不懂?
8楼2012-06-19 15:23:44
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mousekingadv

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 多谢指教! 2012-06-20 08:31:27
leisy: 金币+10 2012-07-21 20:22:22
1.离子步的个数与EDIFF有关,因为电子步越精确,每个离子受力计算的越准确。但这个计算精确的提高并不如良好的POTIM值来的明显(其实POTIM有点运气成分)。通常粗优化时调低EDIFF,POTIM取0.75-1.25(个人经验),IBRION=2,KPOINTS取一个点都没有关系;然后再进行一遍精细的优化,IBRION=1,POTIM取0.3-0.5吧...第二次弛豫可以用到上面的WAVECAR和CHGCAR(HF方法用不到CHGCAR),总的时间花费会比上来就高精度要少很多。任何时候ALGO=FAST都是很好的选择。
2.第二种,大家都解释了。
9楼2012-06-19 15:38:34
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leisy

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by mousekingadv at 2012-06-19 15:38:34
1.离子步的个数与EDIFF有关,因为电子步越精确,每个离子受力计算的越准确。但这个计算精确的提高并不如良好的POTIM值来的明显(其实POTIM有点运气成分)。通常粗优化时调低EDIFF,POTIM取0.75-1.25(个人经验),I ...

谢谢指导!。那POTIM去什么样的值会越精确,计算花费的时间会随着精度的增大而增大吗?
10楼2012-06-19 16:31:06
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