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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp结构优化中EDIFF以及KPOINTS设置，以及氢吸附结合能问题！
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leisy

银虫 (初入文坛)

[求助] vasp结构优化中EDIFF以及KPOINTS设置，以及氢吸附结合能问题！

仁兄义姐好：我想问下：
1   在vasp计算中，INCAR中的EDIFF是精度越高会带来越多计算步骤从而花费更多的计算时间，还是说精度越高，却会使每个离子步优化的更精确，从而减少了离子优化的总步数，会是时间减少？这个究竟是怎么回事？
还有K点设置时，是K点越大越耗费资源，计算时间长；还是K点越大而导致收敛的比较顺利而使计算时间变少？这个究竟哪个是主要的,到底对不同的计算结构该怎样分析使用K点。
2 在计算石墨烯以及硅纳米线表面氢吸附结合能的时候，应该怎样计算？
比如说是直接（不优化）在结构上自动加氢，然后再算总能，使结合后的能量减去前两者，但整个过程前后所有结构全都没有优化。还是另外一种情况：就是先把没有加氢的原结构先优化并算出优化后的能量，然后把氢原子加到已优化好的结构上并计算出总能。最后用这个已优化的总能减去前面原结构（已优化）的能量以及氢原子的能量？请问这两种情况哪种对，若都不对，有其他方式吗？
麻烦给出的答案越详细越好，小弟在此谢过！
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1楼 2012-06-18 16:50:54
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leisy

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangziyan3 at 2012-06-19 10:17:22
1 EDIFF太大则结构优化的时候容易弛豫到亚稳态而非稳态，太小则精度不够，因此从计算精确度来说必须适中，一般来说EDIFF越大计算越慢，个人经验。
K点的话一般是越多计算越慢吧，具体用多少K点要测试，保证精度的前 ...

EDIFF太大则结构优化的时候容易弛豫到亚稳态而非稳态，这个是为什么?还有，我在计算大型结构或者不好优化的时候，好像精度低了老是花的离子步时间太长，所以我就提高了精度，反而快了些。可是不知道这里面根本决定因素或者规律。
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5楼2012-06-19 14:56:29
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leisy

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangll99 at 2012-06-18 16:58:26
EDIFF不是控制电子部的吗

恩，但是数个电子歩组成一个离子步，然后所有离子步在一起就是一次优化。
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6楼2012-06-19 14:59:47
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leisy

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fanchen021 at 2012-06-19 08:52:37
1. EDIFF 精度提高了，的确可能减少离子步数，但会增加每个离子步的时间，所以要选择要适中，一般1e-4~1e-6就可以。可以自己找一个体系测试一下。
2. 应该用后一种方法。所有结构都要优化。

有些时候计算感觉前面精度低的时候会有好多电子步，比如在1E0,1E-1,1E-2，但是后面精度高的时候，反而一步或几步就达到了。
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7楼2012-06-19 15:06:13
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leisy

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangziyan3 at 2012-06-19 10:17:22
1 EDIFF太大则结构优化的时候容易弛豫到亚稳态而非稳态，太小则精度不够，因此从计算精确度来说必须适中，一般来说EDIFF越大计算越慢，个人经验。
K点的话一般是越多计算越慢吧，具体用多少K点要测试，保证精度的前 ...

还有，今天读到一篇论文Adsorption of hydrogen on boron-doped graphene:A first-principles prediction，在第二部分computational method说计算All the calculations were performed using the discrete Fourier transform （DFT）method, as implemented in Vienna ab initio simulation package  【VASP 】。是说vasp中有discrete Fourier transform（离散傅里叶变换）这个模块或方法？这个好像在vasp中没听过。不是vasp中只有US-PP和PAW两种发法吗？疑问不懂？
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8楼2012-06-19 15:23:44
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leisy

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by mousekingadv at 2012-06-19 15:38:34
1.离子步的个数与EDIFF有关，因为电子步越精确，每个离子受力计算的越准确。但这个计算精确的提高并不如良好的POTIM值来的明显（其实POTIM有点运气成分）。通常粗优化时调低EDIFF，POTIM取0.75-1.25（个人经验），I ...

谢谢指导！。那POTIM去什么样的值会越精确，计算花费的时间会随着精度的增大而增大吗？
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10楼2012-06-19 16:31:06
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leisy

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by mousekingadv at 2012-06-19 17:59:19
For IBRION=1,2 or 3, POTIM serves as a scaling constant for the forces.也就是下一离子步时离子的位置是这一步的位置+search vector*POTIM。所以当初始结构较坏时离子每步可以大一些（即较大的POTIM）。只要最 ...

好的，谢谢。
我在优化的时候好像两次隔开的优化，后一次不能利用前一次已生成的WAVECAR（用ISTART=1）时，好像只有在一次优化中包含几个数据点优化时，（比如，一个三维结构，改变其某个方向长度相当于压缩或者拉伸的）这样好像前一个数据点生成的wavecar才能被后面的数据点利用。两次隔开的我不会用。要怎么设置才可以，结构该怎样拷过去。

还有那个vasp中说All the calculations were performed using the discrete Flourier transform 【DFT】 method, as implemented in Vienna ab initio simulation package  【VASP】，这个是什么意思，VASP不是基于密度泛函，只有us-pp和paw吗？那个离散傅里叶变换（上面DFT）究竟应该是在什么位置，起什么作用？谢谢！
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12楼2012-06-19 20:43:12
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leisy

银虫 (初入文坛)
请问有关在硅纳米线上加氧该怎样加，有什么软件可以用来自动加氧，因为手动的话怕加的不合键的存在方式。有相关论文提出加氧的方法吗，有的话还请仁兄义姐给出几篇（论文标题和作者就成就行）。Masterial Studio在加氧这一块是怎样加的？谢谢！
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14楼2012-06-26 10:03:52
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