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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于小分子的结构问题
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ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

科研探索者

[求助] 关于小分子的结构问题

目前我做的是一个含铂的小分子与核酸相互作用的动力学模拟，我将小分子与DNA复合物进行能量最优化后，发现小分子中与铂相连的原子全部断开了，甚至有的都跑掉了，以至于下面的模拟过程也进行不下去，我想请问各位师兄师姐，为啥会出现这种情况？一般是哪些因素导致的？然后应该如何解决这个问题呢？ 谢谢了~~~
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不谋万世者不足谋一时，不谋全局者不足谋一域
1楼 2011-07-08 15:48:38
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zhuzhilin05

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-07-09 22:44:00
先看看你的铂原子是与哪些氨基酸残基作用，然后再把这些氨基酸的参数改过来就行了。
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2楼2011-07-09 22:42:03
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zhuzhilin05

金虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-07-11 20:27:27
就是楼上说的，你把承建的参数加上就可以了。
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5楼2011-07-11 20:12:06
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