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关于小分子的结构问题
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| 目前我做的是一个含铂的小分子与核酸相互作用的动力学模拟，我将小分子与DNA复合物进行能量最优化后，发现小分子中与铂相连的原子全部断开了，甚至有的都跑掉了，以至于下面的模拟过程也进行不下去，我想请问各位师兄师姐，为啥会出现这种情况？一般是哪些因素导致的？然后应该如何解决这个问题呢？ 谢谢了~~~ |
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zhuzhilin05
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御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-07-12 17:16:32
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-07-12 17:16:32
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我说的GROMACS的文件，Amber我没用过，不过文件内容大体都类似，你可以浏览一下，想这个为二面角的力场文件http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 0b94ca7a894756.html |
7楼2011-07-12 11:11:36