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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】ptraj进行氢键分析时出现error
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z6242948

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】ptraj进行氢键分析时出现error 已有1人参与

最近想分析一下模拟的复合物中的氢键情况，准备好输入文件，运行，没过多长时间就出现如下错误：ERROR in safe_malloc: Error in alloc of 1391936616 bytes 开始我认为是轨迹文件过大或要分析的氢键配受体过多，于是只输入一部分轨迹文件分析，又出现：segment fault  各位做氢键分析时有碰到此种情况吗？如何处理呢？和cpu占用有无关系？我在分析时还运行其他程序，cpu占用为100%左右，谢谢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:36 ]
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1楼 2009-09-21 15:27:02
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢提供思考方向 9-21 22:15
你不会是分析体系内所有的氢键吧？
选择你感兴趣的几组去分析。
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-09-21 17:58:48
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z6242948

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by nkyx at 2009-9-21 17:58:
你不会是分析体系内所有的氢键吧？
选择你感兴趣的几组去分析。

呵呵，还真是打算全分析，实在不行的话只能局部分析了
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3楼2009-09-23 10:02:59
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zhuzhilin

新虫 (初入文坛)
可能是in文件写得有问题
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4楼2010-07-02 18:15:23
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