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patent至尊木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】怎样限定两个原子之间的距离
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我用gromacs跑受体－配体复合物的动力学，要限定受体的N原子和配体的O原子之间的距离在0.3nm左右，以便形成氢键，但不知怎样限定这两个原子之间的距离，请高手指教，谢谢！！！ 有网友说在top文件中加入： [distance_restraints] ; i j type index type' low up1 up2 fac 33 698 1 0 1 0.3 0.3 0.3 1 我试过，MD时报错，说限定的两个原子不在同一个分子内。 请问还有其它的方法吗，万分感谢！！！ |
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红枫叶688
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2楼2010-08-20 21:36:28